关于真菌基因组分析的一些文献阅读
2015-11-17 08:53阅读：
1:关于真菌基因组次级代谢分析，可以使用SMURF和AntiSMASH，基因组注释使用MAKER，基因与测使用AUGUSTUS并基于Aspergillus
oryzae物种的训练结果。拼接使用的是Velvet
Optimizer，基因功能注释使用的是interproscan.测序深度27x,N50 为
48,518。1,231
contigs。基因组大小为：31,415,732
bp。GC含量：48.24%
使用tRNAscan-SE与测tRNA.
2014-Draft Genome Sequence
of Penicillium expansum Strain R19, Which
Causes Postharvest Decay of Apple Fruit
2:关于真菌基因组的分析，在已知近源物种的基础上，可以分析结构变异（例如染色体重排等）
2014-Complete Sequencing and
Chromosome-Scale Genome Assembly of the Industrial Progenitor
Strain P2niaD18 from the Penicillin Producer
pan >Penicillium chrysogenum
3:在真菌基因预测方面本文分别使用了Fgenesh（Penicillium
funiculosum 训练）与GeneMark-
ES（基于自身训练），基于预测是在大于1Kb的且经过masker重复序列的基础上进行的将两者结果整合。关于功能注释内容包括：nr\interproscan\Swiss-Prot/UniProtKB\GO\kegg(KAAS
)
2014-Genome
sequencing of high-penicillin producing industrial strain
of Penicillium
chrysogenum
4:这篇文章里关注了水平基因转移，组装完基因预测先是使用GeneMark
and TWINSCAN分别与测然后再合并，再合并genewise的结果（Genomic sequences
with 90% identity that spanned more than 80% of a protein were ex-
tended 500 bp up and downstream and passed to Gene-Wise to predict
gene models.
）假定基因的功能注释使用blast2go.假定蛋白的功能域和GO分析可以使用
Agbase
2014-Genome sequencing and
analysis of the paclitaxel-producing endophytic fungus Penicillium
aurantiogriseum NRRL
62431
5:细胞色素P450（cytochromeP450或CYP450,简称CYP450）为一类亚铁血红素—硫醇盐蛋白的超家族，它参与内源性物质和包括药物、环境化合物在内的外源性物质的代谢.网址：http://drnelson.uthsc.edu/P450seqs.dbs.html。使用blastp(e<10-5).(A
physical CYP gene cluster was de ned as three or more CYPs present
within a 100-kb sliding window of the genomic sequence or fewer
than 10 genes between CYPs a er they had been sorted into groups
along the chromosomes. If two adjacent clusters overlapped, they
were merged to form one larger cluster)
2012-Genome
sequence of the model medicinal
mushroom Ganoderma
lucid
http://drnelson.uthsc.edu/cytochromeP450.html
6:真菌基因组的大小范围：In
fungi, the diversity of genomes varies from 8.97 Mb to 177.57 Mb.
Mohanta T K, Bae H. The
diversity of fungal genome[J]. Biological procedures online, 2015,
17(1): 1.
7:关于植物共生菌的微生物多样性研究，因为里面会参杂植物、叶绿体的序列，需要在数据分析之前排除掉（plastid
and
mitochondrial）。或者在分析完OTU后，只保留真菌（细菌）的那部分。对于测序文章中指出6万到－20万，所以建议客户做10万，对于土壤样本46.1%是植物的，5.4%是真菌，48%为分类。见文献：
2013-Illumina metabarcoding of a soil
fungal community
8:关于真菌病毒基因的注释数据库为DFVF:
database of fungal virulence
factors，http://sysbio.unl.edu/DFVF/index.php参考文献：
2013-Assessment of Fungal Diversity in
the Environment using Metagenomics: a Decade in Review
9:关于次级代谢分析可以使用SMURF（网页链接不可用）与anti-SMASH
http://antismash.secondarymetabolites.org，目前关于次级代谢的软件有很多，但是上面两款是分析结果是比较全面的。
2014-In silico tools for the
analysis of antibiotic biosynthetic pathways
10:2015-Early
life dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in
infants,关注的是肠道中的病毒组，病毒组主要是研究 bacteriophages，eukaryotic
RNA and DNA viruses。
关于文章解读：http://seq.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=5415429
使用的参考数据库：http://pathology.wustl.edu/virusseeker/VirusSeeker/VirusSeeker_index.htm
