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使用GlimmerHMM 预测基因

2018-01-04 13:13阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2214034580

1:软件网址：https://ccb.jhu.edu/software/glimmerhmm/

2:下载近源物种的gff文件以及基因组序列，这个近源物种的寻找，个人的方法就是搞清楚你所测物种的门、纲、目、科、属，然后分别从属到门作为英文关键词在NCBI上搜索，选择其中组装效果比较好的基因组进行下载，最后是在属一级找到相近的物种


3:准备GlimmerHMM所需要的输入文件：


文件一：这是你下载的近源物种基因组序列无需整理
>seq1
AGTCGTCGCTAGCTAGCTAGCATCGAGTCTTTTCGATCGAGGACTAGACTT
CTAGCTAGCTAGCATAGCATACGAGCATATCGGTCATGAGACTGATTGGGC
>seq2
TTTAGCTAGCTAGCATAGCATACGAGCATATCGGTAGACTGATTGGGTTTA
TGCGTTA


文件二：下面的这个外显子位置信息文件来自于你下载的gff文件，不同的基因之间用空白行隔开，另外如果是“-”编码，注意更换外显子的位置
seq1 5 15
seq1 20 34

seq1 50 48
seq1 45 36

seq2 17 20


4:整理好后运行：
trainGlimmerHMM ref.fna exon_file
glimmerhmm_linux_x86_64 genome1-file training-dir-for-genome1 -g -o glimmerHMM.gff

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