[转载]在VMD 中计算径向分布函数 RDF g(r)

先把轨迹文件（例如NO3--pos-1.xyz）文件用VMD打开.命令如下：
$vmd NO3--pos-1.xyz
打开VMD后，在VMD 对话框，Extensions菜单，Analysis-> RDF g(r)
=>RDF g(r) 对话框：
（1）utilities ->set unit cell (set the values of a, b, c, eg.: a=15埃米（A）,b=15A, c=15A)

(2) 设置参数Selection, Frames, Histogram Parameters等.例如：
slection 1: ( eg. name O; or index 3 )
selection 2: (eg. : name H; or index 4-10)