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Gaussian 问题详解2------第三章：GaussView使用

2011-12-16 13:08阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2442883797

第三章：GaussView使用：
（3.1）
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
引用回帖: GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。
事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。
GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原 子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示 成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。
不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示'Modify bond'，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。
为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。
在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。
由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。
如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输 入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的
过程 中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用 Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk 文件名.chk，将生成'文件名.fchk”文件
Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。

（3.2）
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
引用回帖: 1.opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号，例如
1 2 f，限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子间二面角
2.使用constants指定，如下例可以固定水的键角105.4度
O
H1 O R
H2 O R H1 A
Variables:
R 1.0
Constants:
A 105.4
3.使用列标记，把直角坐标下的第二列改为-1，则会固定原子坐标，
改为比-1还小的数值，这些被改动的原子间的相对位置固定。

（3.3）
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
引用回帖: 如 果你对电脑并不熟悉，建议你使用4以下版本，因为GV4在临时文件存储中在命名时带有中文的时间显示，有时候会导致gv打不开文件（使用虚拟盘可以解决这 一问题，所以建议新手先不要急着用）。在gv存储路径中不应该有中文出现，所谓路径就是在你电脑分区中的位置，如e:\111\2\3.out。而桌面在 电脑中的位置是C:\Documents and Settings\Administrator\桌面。所以放在桌面上的结果文件gv不会认识的！【图9】
如果你要用GV4以上的版本，你要自己手动做一些调整：
在你的GV4.1的面板上，点击CostomFragment的图标，出现一个对话框。你把对话框中的Library改成你的GV的安装位置
比如，我的安装位置D:\ProgramFiles\gview4，那我就把CostomFragment中的Library改成“D:\ProgramFiles\gview4”

（3.4）
原子可以改变编号吗？怎么改？
引用回帖: 原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。
在GV 工具栏上有个A的按钮，【图10】打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。

（3.5）
Gaussview能搭建离子吗？怎么搭建？
引用回帖: gview只是用来画分子的，也仅仅就是画出来而已，这个不存在电荷或者自由基的概念。想要说明是离子还是自由基，需要在gaussian输入文件中修改电荷和多重态。
当然，画分子的时候多少也有一些技巧，比如要画C正离子，画完甲烷，删掉一个H，直接改电荷虽然也行，但是既然已经是C正离子了，那个C再保持sp3杂化 就不是那么准确了，这个时候不如把四个H都去掉，然后一个一个加，加上3个H，这个时候说它是C正离子构型上应该更合适一些——如果有亲核试剂进攻，从两 侧来都可以了。自由基也以此类推，只不过是修改多重度而已。




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