至元十三年（1276年）丙子，祁志诚58岁。
至元十三年正月十八，宋廷向伯颜奉降表国玺，附马都尉场镇等人奉益王赵昰、广王赵昺及杨淑妃出逃婺州（今浙江金华），继往温州。奉赵昰为天下兵马都元帅，赵昺副之，以宋宗室名义相号召。五月初一，于福州立赵昰为帝（是为端宗），改元景炎，册封杨淑妃为太后，同听政，赵昺为卫王。此时闽广仍为宋控制，东川张珏、淮东李庭芝仍在为宋坚守，江西、湖广的争夺也未结束，福州政权欲乘势进据江西和浙南的一些失地，却以失败告终，福州也处于危急之中。五月，帝昰召文天祥为右丞相兼知枢密院事。文天祥被挟北上途中，在镇江逃脱。四月才辗转至温州。文天祥到福州后，与陈宜中等人不和，受到排挤。七月，受命为同都督诸路军马，立府南剑州（今福建南平），积粮聚兵，欲先图江西，再与江淮、浙东、闽广联成一片，支撑南宋东南半壁河山。文天祥派部将杜浒往浙江台，州、温州招集兵粮，吕武结约江淮，自率主力经汀州（今福建长汀）、复梅州（今广东梅县），十一月，陈宜中、张世杰、陆秀夫拥赵呈逃往海上。欲入泉州，为宋闽广招抚使莆寿庚拒却，只得逃亡潮州，再浮海至惠州。十二月、，抵惠州陆丰甲子门（今广东陆丰东南），入广州不得。次年四月，驻跸官富场（今香港九龙城南），在此营建宫殿。五月文天祥从梅州出南岭，进入江西。吉、赣二州皆以兵来会。在收复会昌后，六月，取得云都（今江西于都）大捷。继又克复兴国，移同督府于此。分兵四出，复赣、吉二州大部分属县，临（今临江）、洪（今南昌）、袁（今宜春）、瑞（今高安）诸州纷纷响应，一时有包举江西之势。淮西张德兴，抚州何时，福建畲族首领陈吊眼、许夫人也投入抗元斗争。夏秋之季，宋军残余势力以官富场为基地，出兵收复了闽粤沿海诸城，不久又为元军所败。八月，元江西宣慰使李恒组织反击，一面调兵救赣州（今江西赣县）之急，同时自率精兵攻文天祥兴国大营。文天祥欲北上与邹讽会合，不料邹讽也兵败永丰。文天祥被元军追击至方石岭（今江西兴国东北），赖守将巩信拼死抵抗，方得脱险。元军又追至空坑，部将赵时赏自称“文丞相”，掩护其逃脱。文天祥部属多在此役中被俘或遇害。十月，文天祥入循州（今广东龙川）。