本地blast转录组结果建数据库，亲测~

2017-01-05 11:50阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2474792817

一、blast的下载与安装
1.程序下载：访问blast本地软件包链接 blast_latest 下载适合自己系统的blast版本，这里我选择 ncbi-blast-2.2.31+-win32.exe。
2.安装流程：下载完毕后，建议安装到E:\Blast，生成bin和doc两个子目录，其中bin是程序目录， doc是文档目录，这样就安装完成。创建一个“db”文件夹
3.用户环境变量设置：右键点击“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”，在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：E:\blast\db(即数据库路径)。然后在用户变量下方新建“Path”，变量名“E:\blast\bin”，或者在系统变量下方“Path”添加变量值“E:\blast\bin；”（这里保留原来的变量值，在前面添加）。改变环境变量，是让这个路径在默认工作环境中，可以不设置，以后指定文件夹输入命令也是可以的。

4.测试：点击window的'开始'菜单，在运行中输入cmd，调出MS-DOS命令行，“e：”，即可转到E盘，“cd blast”即可转到blast文件夹，输入命令“ blastn -version'即可查看版本。更改过环境变量，可直接在c:下输入。可能出现的情况：1.缺失msvcp120.dll，在网上另外下载按操作即可。2.无法运行程序，可能是下载的版本不对，小白我的电脑是64位，但是32位才能用。
二、blast本地数据库的构建
1.数据的获取
1.1 直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta,名字可以自己随便命名）。
1.2 从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库（其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/）其中nr.gz为非冗余的数据库,nt.gz为核酸数据库,month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。
1.3 利用新版blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl程序。
上述三种方法各有优缺点：前两种下载速度较快，但是检索前都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。
2.数据的格式化
这里以转录组数据结果All-Unigene（FA文件）作为数据库文件为例。首先将All-Unigene放到E:\blast\db文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到E:\blast\db文件夹下运行格式化命令。
格式化All-Unigene命令：
E:\blast\db>makeblastdb.exe -in All-Unigene.fa -pares_seqids -hash index -dbtype nucl

-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids, -hash_index 两个参数一般都带上，主要是
为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype 后接所格式化的序列的类型，核酸用 nucl，蛋白质用prot 。其他博文里介绍用fasta格式，后缀名则为.fasta。
运行结果：

Building a new DB, current time:~
New DB name: T
New DB title: nr
Sequence type: ~

Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1000000000B
Adding sequences from FASTA; added ~ sequences in~seconds.
因此，本地数据库已经建立完毕。
三、blast的使用方法
以ppo.fasta作为查询序列，将序列fasta文件放在blast文件夹中，多条序列则放在一个文档里面
blsat运行命令：
E:\blast>blastp.exe -task blastn -query ppo.fasta -db All-Unigene.fa -out text.txt

blastn.exe 程序执行命令，这里比的核酸； -task 后面选择你所要用的程序，blastn,blatp,tblastx 等； -query 后接查询序列的文件名称； -db 后接格式化好的数据库名称；
-out 后接要输出的文件名称及格式。
如果一切运行良好的话，待运行完毕，你将在blast文件下看到一个text.txt的结果。很快的~

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