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1684年台湾归降清朝，成为国家统一体不可分割的组成部分；1895年日军侵占台湾长达50年，直到1945年日本投降，台湾才重新回到祖国怀抱。从此，赤嵌楼不仅是爱国主义的教育基地，也是台湾南部代表性的风景名胜。
台南古味浓厚，市内拥有许多历史的热门旅游地点。府城隍庙建于明永历23年（1669年），为台湾首座城隍庙，名列二级古迹，因城隍爷掌理阴间事宜，其空间配置与文物陈列，迥异于一般庙宇。其他景点也受到民众的欢迎，例如安平古堡、大天后宫等，而台南旅游观光潮流也正蓬勃发展，当地业者也花招百出，加上台南美味的鳝鱼意面、棺材板等传统小吃，让国内外游客彻底体验台南地道的人文风情！
荷治时期
明郑时期
清领时期
1684年清朝攻取台湾，在台南设台湾府，在首任巡抚刘铭传将省会迁往台北之前，台南一直是全台首府。享有一府二鹿三艋舺之名。
台南市直至1930年代，仍为仅次于台北市的第二大城市。但由于昔日赖以繁荣的海运优势不再，在台湾南部的工商枢纽地位逐渐被具有优良港口的新兴城市高雄市所取代。1940年，由于高雄市与临近地区合并、面积与人口大增，工业亦兴，台南市在人口规模落居第三大城。
二次战后时期
1990年代以后，台南市安南区新设立了台南科技工业园区、台南县新市乡（今台南市新市区）设立南部科学园区，吸引庞大就业人口，台南成为为台湾屈指可数的人口增加及实住人口多于户籍人口之县市。同时与台北市并列为失业率最低之县市。
1646年8月清军进攻福建，隆武帝罹难。10月郑芝龙降清，郑成功力劝未果，愤然断绝父子关系：“今吾父不听儿言，倘有不测之祸，儿只有缟素而已。”那份决绝与愤怒，只有内心坚如磐石的人才会说得出口。在大义和孝心面前，他选择了大义；在苟活与赴死的交叉路口，他义无反顾地选择了赴死。对亲情的失望，更拨旺了他的斗志，更坚定了他对舍生取义的坚持.清军进袭安平，郑成功之母不堪被辱自杀身亡，郑成功发誓与清政府誓不两立。于是，率领部下先在广东南沃岛起兵，并坚毅执著领导着东南沿海的抗清斗争。为确保战斗力，郑成功赏罚分明，每战必议功过，作战不力的人会被处死。因此，也出现错不至死的部将被杀死的情况，这成为施琅等人离队的重要原因。
为收复国土，把台湾作为抗清的根据地，1661年农历三月，郑成功亲自率舰队从金门料罗湾出发，24日，大军进入澎湖海面，忽遇狂风暴雨，郑成功传令大军连夜破浪前进。农历四月初一拂晓，郑成功抵达鹿耳门港外。由鹿耳门外进入台江有两条航道：一条是一鲲身和北线尾岛之间的南航道，口宽水深，但有敌舰防守，又为陆炮所瞰制，不易通过。另一条是北线尾岛北端的鹿耳门航道。北航道口窄水浅，水中淤沙，荷军还沉船堵塞，只有在涨潮时才能通过。因此，荷军没有设防。当天中午，海潮大涨，郑成功乘机率队进发，大小战舰顺利通过鹿耳门，进入台江内海，并在禾寮港(今台南市禾寮港街)登陆成功，随即与荷军发生炮战。当天晚上，郑成功命令三支部队分别控制鹿耳门海口、北线尾和台江，目的是接应第二梯队、策应主力并切断台湾城与赤嵌城的联系。
为恢复两城的联系，荷兰殖民总督揆一派4艘舰船阻击郑军，郑成功以60艘战船由陈广和陈冲指挥，把荷舰包围起来，展开了激烈的炮战。荷军大败，其中通信船“马利亚”号在战斗失败后逃往巴达维亚，搬救兵去了。4月初三，陈泽率部登陆北线尾，荷兰舰长贝德尔率领240名士兵乘船急驶北线尾，上岸后即分两路向郑军反击，另有荷炮舰配合攻击。贝德尔指挥荷军以12人为一排，成疏开战斗队形向前运动，逼近郑军。郑将陈泽以大部兵力正面迎击，以七八百人迂回到敌军侧后，进行前后夹击。荷军腹背受敌，惊慌失措，争相逃命。贝德尔被击毙，荷军被歼180多人，其余的人逃回台湾城。至此，赤嵌楼、台湾城这两座孤立的城堡被彻底切断了联系。郑成功乘胜围攻赤嵌楼。四月初四，赤嵌楼的水源被台湾人民切断，荷军投降。
4月初七，郑成功亲自督师围攻台湾城。针对城高炮多、守备完善的情况，郑成功采取正面进攻和侧翼迂回、水陆配合的战法，曾在左翼击败出击的荷军。郑成功在致荷兰殖民总督揆一的“谕降书”中严正指出：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也……今余既来索，则地当归我。”在揆一拒绝投降后，郑成功调集28门大炮运入市区，向台湾城猛轰，摧毁台湾城大部胸墙，击伤许多荷军。揆一狗急跳墙列炮于城上，集中轰击，迫使郑军后撤。
5月初二，黄安等人率郑军第二梯队抵达台湾，郑军的供给和兵力得到加强。郑成功命人在台湾城周围挖壕沟，以围困荷军。同时准备了攻城器械和炮具。闰7月23日，双方在海上交战，郑成功令黄安抗击陆上进攻的荷军，自己则亲统陈泽、陈继美等诸部战船在海上迎击，将敌舰团团包围，经一小时激战，荷舰几乎全军覆没，只有一艘受伤战舰遁逃远海。战斗中，陈泽的副手林进绅战死。陆上荷军曾一度出动袭击七鲲身，被郑军黄安部伏兵击退。