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据《贵阳府志》载：“清真古寺在府新城内团井巷口，雍正二年(1724年)回人建。”其中大的修葺有两次，即道光十七年(1837年)和民国26年(1937年) 后来另有两次维修增建。
“文化大革命”时期，清真寺遭到破坏，房屋多数坍塌。十一届三中全会后，落实宗教政策，市政府拨款23万元重新改建。1982年开工，1984年竣工。
改建后的清寺，占地约620平方米，建筑面积约420平方米。寺临街大门为古典牌楼式方形大门，以巨石砌成，门额正中嵌有长1米许的石碑1块，镌刻行书“清真寺” 三字，字大径尺，苍劲有力。门枋以条石
竖砌，门柱正面阴刻楷书楹联一副，联云：“清净中孚，恒乐同人而集福”； 下联为“真诚无妄，咸歌大有以延庥”。两联第一字分别嵌“清真”两字。楼脊上置一连珠宝瓶，大门与二门之间有近20米深巷，
二门也是中国古典牌楼式。惟门洞为园拱形，具有伊斯兰教风格，门顶有阿拉伯文石刻一块，两侧石门柱均有花纹图案雕刻。二门之后，为新建的六层楼房，六层是在第五层平顶上的东端建成一座正方形，穹窿
顶的大楼，即“望月楼”，亦称“拜楼” 。清真寺大殿，座东西向，建筑面积80平方米，为宫殿式木结构古建筑，三开间，木地板，青色筒瓦，檐牙飞翘，木格扇门，古朴典雅，为教徒进行礼拜之所。
11月竣工。清真寺经改扩建后，面貌一新，原有建筑基本无存，现贵州省伊斯兰教协会、贵阳市伊斯兰教协会和贵阳市清真寺民管会亦设于此。