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这座城市在公元前二世纪罗马帝国时期，是一个建立在马萨纳雷斯河岸上居民点。5世纪面对来自日耳曼的苏维汇人、汪达尔人与奄蔡人的入侵，罗马帝国无力保卫它在伊比利半岛上的领土，因而被西哥德人统治。公元七世纪时，穆斯林征服了伊比利半岛，包括马德里。马德里第一次建立王宫是在9世纪，奥斯曼帝国穆罕默德一世命令在现在的马德里皇宫的地址上兴建了一座小小的皇宫，环绕皇宫兴建了一座堡垒，这就是当今马德里城市的雏形。
文艺复兴时期，首都位于托莱多的卡斯蒂利亚王国与首都位于萨拉戈萨的阿拉贡王国被卡洛斯一世结合成为西班牙，腓力二世在1561年将首都从托莱多迁到了马德里。