JGI批量下载基因组数据

参考资料：http://genome.jgi.doe.gov/help/download.jsf
类似下载JGI数据的python脚本： https://github.com/glarue/jgi-query
0、背景
JGI本身提供API接口，但是对于一般物种，你很难直接获取API接口需要的organism信息，本人在下载基因组数据的过程中发现organism和基因组 ID之间存在对应关系，如一个物种的genome ID是2512564028，那么它的organism应该是IMG_2512564028，本文中批量下载就是利用这个对应关系而实现的。注：并不是所有genome ID都能下载到数据的。
1、首先注册JGI账号，用于下载数据。
请自行注册
2、下载你想下载物种的genome ID
比如可以通过https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi 搜索Vibrio属下的细菌基因组，在搜索结果界面勾选想下载的物种或者株系，然后exprot 导出保存为xls格式的如Vibrio.xls
3、用下面的脚本执行下载
perl down_genome_from_jgi.pl Vibrio.xls
###### 代码如下#####
#!/usr/bin/env perl
#script name: down_genome_from_jgi.pl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
die 'perl $0 -cookies yes|no $0 ' if $#ARGV<0;
my($cookies);
Get