BugBase可以用来分析宏基因组扩增子测序数据，根据已知的序列对所得测序结果进行预测，主要可以预测以下几个内容：
1. 革兰氏阴性菌和阳性菌的比例
2. 需氧菌和厌氧菌的比例
3.致病菌的比例
虽然也是根据已有的菌种来注释，但是也是很有用的。
根据我前边写的使用PICRUSt对扩增子数据进行功能预测，该软件包也是使用相同的OTU聚类方法。
该软件推荐使用网页版，本地版依赖R包太多，难以安装。
在使用网页版之前首先要转换一下文件格式：
biom convert -i otu_table.biom --to-tsv -o otu.txt
biom convert -i otu.txt -o otu_json.biom --table-type='OTU table' --to-json
即将结果转换为json格式的biom文件。还需要编写一个mapping.txt文件，具体格式和QIIME中差不多。
进入网页版https://bugbase.cs.umn.edu/upload.html：
输入biom和mapping.txt文件，设置好几个参数即可运行，如果已经输入邮箱，那么等待运行结果即可。
1. 革兰氏阴性菌和阳性菌的比例
2. 需氧菌和厌氧菌的比例
3.致病菌的比例
虽然也是根据已有的菌种来注释，但是也是很有用的。
根据我前边写的使用PICRUSt对扩增子数据进行功能预测，该软件包也是使用相同的OTU聚类方法。
该软件推荐使用网页版，本地版依赖R包太多，难以安装。
在使用网页版之前首先要转换一下文件格式：
biom convert -i otu_table.biom --to-tsv -o otu.txt
biom convert -i otu.txt -o otu_json.biom --table-type='OTU table' --to-json
即将结果转换为json格式的biom文件。还需要编写一个mapping.txt文件，具体格式和QIIME中差不多。
进入网页版https://bugbase.cs.umn.edu/upload.html：
输入biom和mapping.txt文件，设置好几个参数即可运行，如果已经输入邮箱，那么等待运行结果即可。