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利用R/qtl绘制连锁图谱

2018-04-13 20:19阅读:
最近需要将连锁图结果以图形方式显示出来,但是mapchart显示的结果并不是很理想,因此使用R包qtl绘制连锁图。(该包还能计算图距和QTL定位,不过我只是进行可视化,所以只写这部分内容)
首先准备数据:​​
相关例子:Sample data files for R/qtl
然后就是进行绘图:​
library(qtl)
mydata.a<-read.cross('csv','.','gzwj.csv') #导入数据,格式是参照上面的例子
par(mfrow=c(1,1),mar=c(5.1,4.1,1.5,1),cex=1)
#设置背景参数,mfrow是行、列参数,(1,1)代表一行一列;mar是边缘参数,依次是下、左、上、右
plotMap(mydata.a,main='Genetic map of P1') #只绘制遗传图,同时添加标记​
利用R/qtl绘制连锁图谱

参考资料:​​
本文知乎链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/35648048
par参数简介:http://rfunction.com/archives/1302

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