自2016年12月交通运输部等18部委发布《关于进一步鼓励幵展多式联运工作的通知》和国家发改委等部委在2017年6月发布《“十三五”铁路集装箱多式联运发展规划》以来，我国公铁联运及海铁联运虽有一定提高，但仍无法改变比例过低的窘境，和发达国家之间还存在一定差距。究其原因，主要有以下问题。
首先，多式联运装载单元主要包括集装箱、周转箱、半挂车等,但我国运载单元的厢式化和标准化程度较低，各标准体系依据运输特点进行了技术变动，导致铁路运输的专用集装箱不能直接投入海运,适用于水运的标准集装箱也并未考虑到铁路货运、公路货运对载重比、容积比的强烈需求，而铁路注重单箱载货平衡,海运则注重整船装载均衡等。同时相对公路货运公司具有绝对话语权的国铁集团并没有意愿强迫公铁联运；航空货运则因航空货机并不支持标准集装箱而难以加入多式联运队伍。
其次，港口、铁路货场、公路集散中心等货运枢纽是多式联运的基础设施,但各货运枢纽的建设规模和布局功能有所差异,难以实现公路、铁路海运等多种运输方式的无缝衔接，造成多式联运“最后一公里”和“最后一厘米”问题难以解决。
此外，我国多式联运的票证单据没有完全统一，货物在转换运输方式时也需更换联运单证，增加了货物换装时间。
首先，多式联运装载单元主要包括集装箱、周转箱、半挂车等,但我国运载单元的厢式化和标准化程度较低，各标准体系依据运输特点进行了技术变动，导致铁路运输的专用集装箱不能直接投入海运,适用于水运的标准集装箱也并未考虑到铁路货运、公路货运对载重比、容积比的强烈需求，而铁路注重单箱载货平衡,海运则注重整船装载均衡等。同时相对公路货运公司具有绝对话语权的国铁集团并没有意愿强迫公铁联运；航空货运则因航空货机并不支持标准集装箱而难以加入多式联运队伍。
其次，港口、铁路货场、公路集散中心等货运枢纽是多式联运的基础设施,但各货运枢纽的建设规模和布局功能有所差异,难以实现公路、铁路海运等多种运输方式的无缝衔接，造成多式联运“最后一公里”和“最后一厘米”问题难以解决。
此外，我国多式联运的票证单据没有完全统一，货物在转换运输方式时也需更换联运单证，增加了货物换装时间。
