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褚蒜子说，司马奕德才兼备，又是皇帝的弟弟，应当继承皇位。于是百官到琅邪王府去迎奉司马奕，司马奕当天即皇帝位，大赦天下。
司马奕22岁登基，当了七年皇上，因该是奋发有为之龄，但适逢权臣桓温专横执掌握朝政，他本身又胆小懦弱，只知道循规蹈矩唯唯诺诺但求无过。他越是胆小怕事，桓温越是瞧不起他欺负他，起意废掉他自立为帝。但司马奕并无重大过失，废立大事总得师出有名，弄得桓温费尽心机难以下手。
公元371年，桓温的部下总算为他想出一计，指控司马奕在琅玡王府时已经阳痿不能生育子嗣，入宫后他的皇后妃子却连生三子，应当是其男宠相龙、计好、朱灵宝等所生。这是混乱皇统的大罪名，说他“人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀!”
于是逼崇德太后褚蒜子下诏废司马奕为东海王。 即日，桓温派人进宫收缴了国玺，逼司马奕离宫。司马奕穿着单衣步出皇宫，乘牛车出神兽门。桓温又命部下数百兵士押送他回到东海王府。
第二年春，司马奕被降封为海西公，并迁往吴县西柴里居住。当时他还颇有声望，不少人打着他的旗号聚众起事，反对朝廷。他知道后吓得深居简出，闭门谢客，尽量避免嫌疑。
这年十一月，大臣卢悚派弟子许龙秘密来访司马奕，说奉太后密诏来迎司马奕回京复辟。司马奕听了有些心动，想要答应。但他的家眷极力劝阻，他于是斥退许龙，拒绝回京。从此他死心塌地不思复辟，整天在家饮酒作乐自甘平庸。桓温打听到以司马奕安于屈辱，总算消除了杀心而让他得享天年。公元386年十月，司马奕病死于吴县(今江苏省苏州市吴中区、相城区一带)，时年四十五岁。
多数史书同情司马奕，说他是被桓温诬陷为阳痿的。这种事现在查起来太简单了，做一下那三个小孩和司马奕的DNA亲子鉴定就水落石出了。在当时也非难事，是否阳痿让他与其他女子性交几次就知道了。再退一步讲，倘若司马奕没有丧失生育能力，没有阳痿，他退居吴县后又活了十四年，正值生育壮龄，生个一男半女出来，“被阳痿”不就不攻自破了？桓温废了他后，自己并没有篡位，而是另立五十岁的司马昱（晋元帝司马睿的幼子）为帝，司马昱可比司马奕难对付多了。因此本人认为，桓温为篡位而诬陷司马奕阳痿不近情理，多半是司马奕确有难言之疾了。望现代史学家考证之。
司马奕22岁登基，当了七年皇上，因该是奋发有为之龄，但适逢权臣桓温专横执掌握朝政，他本身又胆小懦弱，只知道循规蹈矩唯唯诺诺但求无过。他越是胆小怕事，桓温越是瞧不起他欺负他，起意废掉他自立为帝。但司马奕并无重大过失，废立大事总得师出有名，弄得桓温费尽心机难以下手。
公元371年，桓温的部下总算为他想出一计，指控司马奕在琅玡王府时已经阳痿不能生育子嗣，入宫后他的皇后妃子却连生三子，应当是其男宠相龙、计好、朱灵宝等所生。这是混乱皇统的大罪名，说他“人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀!”
于是逼崇德太后褚蒜子下诏废司马奕为东海王。 即日，桓温派人进宫收缴了国玺，逼司马奕离宫。司马奕穿着单衣步出皇宫，乘牛车出神兽门。桓温又命部下数百兵士押送他回到东海王府。
第二年春，司马奕被降封为海西公，并迁往吴县西柴里居住。当时他还颇有声望，不少人打着他的旗号聚众起事，反对朝廷。他知道后吓得深居简出，闭门谢客，尽量避免嫌疑。
这年十一月，大臣卢悚派弟子许龙秘密来访司马奕，说奉太后密诏来迎司马奕回京复辟。司马奕听了有些心动，想要答应。但他的家眷极力劝阻，他于是斥退许龙，拒绝回京。从此他死心塌地不思复辟，整天在家饮酒作乐自甘平庸。桓温打听到以司马奕安于屈辱，总算消除了杀心而让他得享天年。公元386年十月，司马奕病死于吴县(今江苏省苏州市吴中区、相城区一带)，时年四十五岁。
多数史书同情司马奕，说他是被桓温诬陷为阳痿的。这种事现在查起来太简单了，做一下那三个小孩和司马奕的DNA亲子鉴定就水落石出了。在当时也非难事，是否阳痿让他与其他女子性交几次就知道了。再退一步讲，倘若司马奕没有丧失生育能力，没有阳痿，他退居吴县后又活了十四年，正值生育壮龄，生个一男半女出来，“被阳痿”不就不攻自破了？桓温废了他后，自己并没有篡位，而是另立五十岁的司马昱（晋元帝司马睿的幼子）为帝，司马昱可比司马奕难对付多了。因此本人认为，桓温为篡位而诬陷司马奕阳痿不近情理，多半是司马奕确有难言之疾了。望现代史学家考证之。