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、录尚书事，与尚书令何充共同辅政。何充逝世后，司马昱曾总理朝政。废帝司马奕即位后，他又被册封为琅琊王，又进位丞相、录尚书事。
公元372年1月，桓温以废帝司马奕阳痿乱统为由，改立司马昱为帝。司马昱即位后，多受桓温牵制，仅能'拱默守道而已'，在位仅八个月后，便因忧愤而崩，终年五十三岁。谥号简文皇帝。
司马昱善于清谈，史称'清虚寡欲，尤善玄言'，是名副其实的清谈皇帝。在他倡导下，东晋中期玄学呈现丰饶发展。
司马昱幼年聪慧，深得父亲晋元帝宠爱。当时著名的星相家郭璞评论司马昱说:'振兴晋朝的，一定是这个人。'
七岁时，他的母亲郑阿春去世，幼年司马昱像个小大人，非常悲伤并请求让自己为母亲服重孝，使很多人为他的孝顺而刮目相看。
他经历七朝风雨，走过许多坎坷险路。二十五岁那年，因晋穆帝司马聃年幼，由崇德太后褚蒜子临朝摄政，任司马昱为抚军大将军、录尚书六条事，开始成为治国重臣。
当时一同辅政的何充意图引用桓温来镇慑外戚庾氏，有人劝司马昱说: 桓温很难驾驭，不能让桓温占据地形冲要的长江中上游，司马昱应当自己出镇长江上游，以便抑制桓温，但司马昱不听劝谏，还是任命桓温为安西将军。
公元347年，桓温攻灭成汉，权威日盛，名声大振，司马昱开始对桓温产生疑惧并加以防范。司马昱认为扬州刺史殷浩是他的玄学好友，在朝野素有盛名，便引荐他参与朝政，并大量援引会稽人士及玄学名家进入中枢，想借此与桓温抗衡。桓温何等精明，当然看得穿司马昱的用意，便和司马昱逐渐互相猜忌，同朝异梦。
此后桓温多次请求北伐，司马昱均未获准，反而殷浩多次组织北伐。但殷浩是个玄学清谈家，几曾识得干戈战阵，连吃败仗，军粮器械消耗殆尽。公元354年，桓温借朝野上下对北伐失败的怨愤，趁机上书列举殷浩的罪行，请求将他黜免。司马昱只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，内外实权都集中在桓温手里。
晋哀帝驾崩后，晋废帝司马奕即位，因司马奕绝嗣，褚太后封司马昱为琅邪王以作储君。
公元372年1月6日，大司马桓温废司马奕为东海王，并于同日率百官奉迎司马昱入宫，司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕叩拜，才接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。
桓温过后写了说辞，打算向司马昱陈述自己废立皇帝的初衷。但司马昱接见他时只是不停流泪，令桓温战战兢兢，居然一句话都说不出来。
司马昱即位后，桓温继续想消灭反对他的皇族势力，首先对付的是司马昱同父异母兄司马晞。桓温先诬陷司马晞谋反将其免官，又逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及殷涓、庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作议论。桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱亲手写诏给桓温说:'如果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事;如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。'桓温看后害怕到流汗色变，于是不敢再杀司马晞父子，但还是将殷涓、庾倩、庾柔等人被灭族，殷氏和庾氏从此一蹶不振，桓温威势达至高峰。
为应付并抵制桓温，司马昱改变策略，不再重点依靠南方玄学士族，而是引入了和桓氏同属北方望族的琅玡王氏和陈郡谢氏的人才，如王坦之和谢安。由于琅玡王氏和陈郡谢氏的声望势力犹在谯国桓氏之上，使得桓温有所顾忌和收敛，至死不敢篡晋。
公元372年1月，桓温以废帝司马奕阳痿乱统为由，改立司马昱为帝。司马昱即位后，多受桓温牵制，仅能'拱默守道而已'，在位仅八个月后，便因忧愤而崩，终年五十三岁。谥号简文皇帝。
司马昱善于清谈，史称'清虚寡欲，尤善玄言'，是名副其实的清谈皇帝。在他倡导下，东晋中期玄学呈现丰饶发展。
司马昱幼年聪慧，深得父亲晋元帝宠爱。当时著名的星相家郭璞评论司马昱说:'振兴晋朝的，一定是这个人。'
七岁时，他的母亲郑阿春去世，幼年司马昱像个小大人，非常悲伤并请求让自己为母亲服重孝，使很多人为他的孝顺而刮目相看。
他经历七朝风雨，走过许多坎坷险路。二十五岁那年，因晋穆帝司马聃年幼，由崇德太后褚蒜子临朝摄政，任司马昱为抚军大将军、录尚书六条事，开始成为治国重臣。
当时一同辅政的何充意图引用桓温来镇慑外戚庾氏，有人劝司马昱说: 桓温很难驾驭，不能让桓温占据地形冲要的长江中上游，司马昱应当自己出镇长江上游，以便抑制桓温，但司马昱不听劝谏，还是任命桓温为安西将军。
公元347年，桓温攻灭成汉，权威日盛，名声大振，司马昱开始对桓温产生疑惧并加以防范。司马昱认为扬州刺史殷浩是他的玄学好友，在朝野素有盛名，便引荐他参与朝政，并大量援引会稽人士及玄学名家进入中枢，想借此与桓温抗衡。桓温何等精明，当然看得穿司马昱的用意，便和司马昱逐渐互相猜忌，同朝异梦。
此后桓温多次请求北伐，司马昱均未获准，反而殷浩多次组织北伐。但殷浩是个玄学清谈家，几曾识得干戈战阵，连吃败仗，军粮器械消耗殆尽。公元354年，桓温借朝野上下对北伐失败的怨愤，趁机上书列举殷浩的罪行，请求将他黜免。司马昱只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，内外实权都集中在桓温手里。
晋哀帝驾崩后，晋废帝司马奕即位，因司马奕绝嗣，褚太后封司马昱为琅邪王以作储君。
公元372年1月6日，大司马桓温废司马奕为东海王，并于同日率百官奉迎司马昱入宫，司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕叩拜，才接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。
桓温过后写了说辞，打算向司马昱陈述自己废立皇帝的初衷。但司马昱接见他时只是不停流泪，令桓温战战兢兢，居然一句话都说不出来。
司马昱即位后，桓温继续想消灭反对他的皇族势力，首先对付的是司马昱同父异母兄司马晞。桓温先诬陷司马晞谋反将其免官，又逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及殷涓、庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作议论。桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱亲手写诏给桓温说:'如果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事;如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。'桓温看后害怕到流汗色变，于是不敢再杀司马晞父子，但还是将殷涓、庾倩、庾柔等人被灭族，殷氏和庾氏从此一蹶不振，桓温威势达至高峰。
为应付并抵制桓温，司马昱改变策略，不再重点依靠南方玄学士族，而是引入了和桓氏同属北方望族的琅玡王氏和陈郡谢氏的人才，如王坦之和谢安。由于琅玡王氏和陈郡谢氏的声望势力犹在谯国桓氏之上，使得桓温有所顾忌和收敛，至死不敢篡晋。