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历代信奉东汉末年张道陵、张鲁创建的五斗米道
。孙秀死后，官路断绝，就向五斗米道寻求发展。琅琊孙氏是永嘉南渡世族之一，所以孙恩原籍琅琊，但生于东晋会籍。他的叔父孙泰师从当时江左五斗米道教主杜子恭学道。俗话说，瘦死骆驼比马大，琅琊孙氏名望犹存，比一般教徒高出许多，再加上孙泰资质不错悟性颇高，很快受到杜子恭青睐。杜子恭死后，孙泰继任五斗米道教主，教徒广布东南各地。他利用教门势力为当时主政的会稽王司马道子办事，得到政府的默认。
公元398年，青兖二州刺史王恭起兵对抗东晋朝廷，孙泰感到晋祚将倾，于是野心膨胀，预谋叛乱。会稽内史谢輶发现了孙泰的反迹，就向朝廷禀报揭发，以致孙泰被诛杀。
孙恩此时已入壮年，是孙泰指定的继承人。孙泰伏法，他带领部分死党逃入海岛(有史家认为是现在的舟山群岛)。那些死党认为孙泰没有死，是'蝉蜕登仙'去了，因此跟着他的继承人孙恩，以后必有大好前程，所以纷纷到海岛来投靠孙恩。孙恩聚集了几百精锐，日夜操练，伺机复仇。
公元399年，东晋执政者征调三吴门阀的避税佃客充实兵员，激起各大门阀的愤怒不满;孙恩乘人心不稳，率众攻入上虞又攻克会稽，杀死会稽内史王凝之。当时会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡等三吴八郡的五斗米教众纷纷响应，孙恩部众激增至数十万人。孙恩于是据守会稽，自号征东将军，改称五斗米教众为'长生人'，并宣令诛杀非教众，连婴儿也不放过，于是大量人口死亡。
东晋派遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之征讨孙恩。孙恩原计划攻陷建康自立为君，摄于刘牢之北府军威名，就降低目标打算割据会稽，以钱塘江为界与东晋分庭抗礼; 不久刘牢之渡过钱塘江，他又降低目标觉得能称霸海岛也够风光了，就率领受其所裹挟的二十多万民众撤回海岛。东晋朝廷就命令刘牢之率北府军撤回京口（镇江），留下谢琰镇守会籍。
公元400年五月，孙恩率部众攻浃口(镇海海口)，入余姚，破上虞，二次抵近山阴县北之邢浦，并逼近会稽。谢琰却轻敌不作战备，又驱饥饿之军出战，被敌军包围，死于自己部下之手。谢琰战死令朝野震惊。孙恩又转攻临海，并在余姚打败晋军将领高雅之。总算刘牢之率北府军及时从京口赶到，他是孙恩克星，于是孙恩再度逃入海岛。
公元398年，青兖二州刺史王恭起兵对抗东晋朝廷，孙泰感到晋祚将倾，于是野心膨胀，预谋叛乱。会稽内史谢輶发现了孙泰的反迹，就向朝廷禀报揭发，以致孙泰被诛杀。
孙恩此时已入壮年，是孙泰指定的继承人。孙泰伏法，他带领部分死党逃入海岛(有史家认为是现在的舟山群岛)。那些死党认为孙泰没有死，是'蝉蜕登仙'去了，因此跟着他的继承人孙恩，以后必有大好前程，所以纷纷到海岛来投靠孙恩。孙恩聚集了几百精锐，日夜操练，伺机复仇。
公元399年，东晋执政者征调三吴门阀的避税佃客充实兵员，激起各大门阀的愤怒不满;孙恩乘人心不稳，率众攻入上虞又攻克会稽，杀死会稽内史王凝之。当时会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡等三吴八郡的五斗米教众纷纷响应，孙恩部众激增至数十万人。孙恩于是据守会稽，自号征东将军，改称五斗米教众为'长生人'，并宣令诛杀非教众，连婴儿也不放过，于是大量人口死亡。
东晋派遣徐州刺史谢琰与镇北将军刘牢之征讨孙恩。孙恩原计划攻陷建康自立为君，摄于刘牢之北府军威名，就降低目标打算割据会稽，以钱塘江为界与东晋分庭抗礼; 不久刘牢之渡过钱塘江，他又降低目标觉得能称霸海岛也够风光了，就率领受其所裹挟的二十多万民众撤回海岛。东晋朝廷就命令刘牢之率北府军撤回京口（镇江），留下谢琰镇守会籍。
公元400年五月，孙恩率部众攻浃口(镇海海口)，入余姚，破上虞，二次抵近山阴县北之邢浦，并逼近会稽。谢琰却轻敌不作战备，又驱饥饿之军出战，被敌军包围，死于自己部下之手。谢琰战死令朝野震惊。孙恩又转攻临海，并在余姚打败晋军将领高雅之。总算刘牢之率北府军及时从京口赶到，他是孙恩克星，于是孙恩再度逃入海岛。