科学岛原来不叫科学岛，叫董铺岛。“董铺”是个地名，原来也不是岛。在它南面有条河叫淝河，其上游是西边六安和金寨的大别山区，属于淠史杭流域水系的一部分。它发源于山区无污染，所以水质很好；向东流入合肥市，经过双岗，在大东门处转折向南，穿过寿春路、大东门和长江路3座大桥，一直流入南面的巢湖。
1956年兴修水利，在现在植物园的东面筑了大坝，拦住淝河使水位抬高，淹了大片土地，形成了“董铺水库”，现在是合肥自来水厂的水源，是合肥市居民用水的“大水缸”。
董铺这里地势较高，露出水面，形成一个半岛，就叫“董铺岛”。其地形狭长，东西较长约7华里，南北较窄约2.5华里。总面积约2.6平方公里。东南北三面临水，西面连接陆地。岛上原来的农民依旧生活如常。