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[转载]测序中Phred Q20 Q30所代表的碱基质量含义

2014-10-24 11:35阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2818547443

原文地址：测序中Phred Q20 Q30所代表的碱基质量含义
原文作者：limits999

高通量测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。Q20与Q30则表示质量值大于等于20或30的碱基所占百分比。比如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。
Q20值是指的测序过程碱基识别（Base Calling）过程中，对所识别的碱基给出的
错误概率。
如果质量值是Q20，则错误识别的概率是1%，即错误率1%，或者正确率是99%；
如果质量值是Q30，则错误识别的概率是0.1%，即错误率0.1%，或者正确率是99.9%；
如果质量值是Q40，则错误识别的概率是0.01%，即错误率0.01%，或者正确率是99.99%；
你发现规律没有，Q“N”0的质量值，就是正确率有N个9的百分比，这样就非常容易记忆了。


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