蛋白质组和转录组

在思考不同实验层次产出数据比较的问题时，我觉得有一个很重要的问题要首先考虑一下：就是蛋白组和转录组数据间的关系，这决定我们可不可以拿这两个不同层次的产出数据来相互比较并下结论。众所周知，就是同一种脏器甚至样品来源的蛋白组数据和转录组数据间定量对接都没有好的相关性。退一步说，不考虑定量而只考虑有无，蛋白组数据与转录组数据也很难对等。面对这种现象，极端地，无非有两种判断：
第一，认为这种蛋白组与转录组的数据不可对接性就反映了这两层次生物过程的在质上的不等价性，也就是有转录本不一定会接下来有蛋白产物，甚至蛋白也不一定来源于所在细胞的转录本。在这种情况下，以下两种数据产生的原因分别是：
⑴ 蛋白组有而转录组无——蛋白来源于外界合成后转运进来。
⑵ 转录组有而蛋白组无——转录本根本就没有表达成蛋白。
第二，认为这种蛋白组与转录组的数据不可对接性只反映了这两层次生物过程的在量上的不等价性以及检出技术的局限，也就是凡是到了转录本这步，通常一定会接下来继续得到对应的蛋白产物。在这种情况下，以下两种数据产生的原因分别是：
⑴ 蛋白组有而转录组无：转录本因为低丰度或其它技术原因未能被检出。
⑵ 转录组有而蛋白组无：蛋白因为低丰度、极端理化性质或其它技术原因未能被检出。
由于基因检测技术远远成熟于蛋白检测技术以及基因的可扩增性等原因，因而呈现出转录组数据远多于蛋白组数据的状况。
对于蛋白组数据与转录组数据的不对等性，这两种肇因应该是都有可能存在的，但我个人认为第二种是决定性的，也就是是技术问题导致数据集的不对等性。试想生物体到了转录本这一步而不继续得到蛋白产物，是一种资源的浪费，是不符合效率的，即使在某些紧急调控和病理情况下存在，也绝对不会是主流行为。扩展开来：
⑴ 逐级调控是可以的，但一般是线性或级联放大的才符合经济有效的调控原则。
⑵ 那些在转录本水平高但蛋白水平低的产物，应该也是线性的或级联放大的，较低的放大系数可能用以稳定重要蛋白的量。在这种情况下，蛋白水平实际上与转录本水平持平更多是稍有放大，但由于基因检测技术远远成熟于蛋白检测技术以及基因的可扩增性等原因，因而转录本可被检出的阈值较低，呈现出表观上对