保证种子纯度是确保杂交种子增产的重要措施。目前的主流方式是使用种子风选净度仪来区分种子净度，水稻种子纯度最低不低于 96%, 杂交水稻种子纯度的获得， 必须具备三个条件：
一要保证生产田群体的绝大多数都是杂合体； 二要构成杂合体基因型的来源和杂合方式是同父同母；三要在配制杂交稻种的过程中， 严格隔离去杂，
防止两系以外的异稻品种花粉串交。
1 严格隔离
（1）空间隔离。即利用空间距离进行隔离。依据 GB/T17314-1998《籼型杂交稻“三系”原种生产技术操作规程》的规定，籼型杂交水稻制种田空间隔离距离为 200m, 粳型杂交水稻种子制种田空间隔离距离为 500m.特殊情况下， 如山区、丘陵地区的背风区域隔离区可适当减少， 但不能低于 40m; 风力大的平原地区不能小于规定距离 200m 或 500m.
（2） 时间隔离。即安排制种田的扬花期同其他水稻品种的花期错开， 花期应相差 20d 以上。
（3） 屏障隔离。即利用地形、地物如山坡、树林、房屋和高杆作物进行隔离， 隔离的屏障高度应在 2m 以上。
（4） 父本或非水稻作物的旱地作物隔离。即在制种田四周 50m 范围内的田块， 都种植作父本的恢复系品种进行隔离， 或在规定空间隔离区种植旱地农作物。
2 认真去杂
（1） 播种至孕穗期。使用种子净度工作台根据亲本， 即父本、母本的生长形态如株型、植株高矮、茎秆颜色及粗细、叶片宽窄及长短、茸毛多少、叶色深浅等性状作鉴定依据进行去杂， 把制种田中与父本、母本不同颜色、不同株型、过高过矮的杂株、变异株、劣株及稗草彻底除净， 选留均匀一致的植株。
（2） 始穗期。即抽穗初期是去杂的关键时期， 主要是除去亲本中的异品种如杂交一代种、常规种、保持系等杂株，尤其要抓紧时机拔除制种田不育系中的保持系植株。因为保持系是保持母本的不育性， 其花粉一旦传授给不育系， 即母本， 结的谷粒就是不育系种子， 到大田用种是不结实的。这种不育系（ 属早熟类型） 生长到扬花期间不能自花授粉， 无外
1 严格隔离
（1）空间隔离。即利用空间距离进行隔离。依据 GB/T17314-1998《籼型杂交稻“三系”原种生产技术操作规程》的规定，籼型杂交水稻制种田空间隔离距离为 200m, 粳型杂交水稻种子制种田空间隔离距离为 500m.特殊情况下， 如山区、丘陵地区的背风区域隔离区可适当减少， 但不能低于 40m; 风力大的平原地区不能小于规定距离 200m 或 500m.
（2） 时间隔离。即安排制种田的扬花期同其他水稻品种的花期错开， 花期应相差 20d 以上。
（3） 屏障隔离。即利用地形、地物如山坡、树林、房屋和高杆作物进行隔离， 隔离的屏障高度应在 2m 以上。
（4） 父本或非水稻作物的旱地作物隔离。即在制种田四周 50m 范围内的田块， 都种植作父本的恢复系品种进行隔离， 或在规定空间隔离区种植旱地农作物。
2 认真去杂
（1） 播种至孕穗期。使用种子净度工作台根据亲本， 即父本、母本的生长形态如株型、植株高矮、茎秆颜色及粗细、叶片宽窄及长短、茸毛多少、叶色深浅等性状作鉴定依据进行去杂， 把制种田中与父本、母本不同颜色、不同株型、过高过矮的杂株、变异株、劣株及稗草彻底除净， 选留均匀一致的植株。
（2） 始穗期。即抽穗初期是去杂的关键时期， 主要是除去亲本中的异品种如杂交一代种、常规种、保持系等杂株，尤其要抓紧时机拔除制种田不育系中的保持系植株。因为保持系是保持母本的不育性， 其花粉一旦传授给不育系， 即母本， 结的谷粒就是不育系种子， 到大田用种是不结实的。这种不育系（ 属早熟类型） 生长到扬花期间不能自花授粉， 无外