日军侵华期间，占领南京的日本军队在南京中华门外原报恩寺遗址上兴建神社。在整理土地时发现并掠走玄奘大师的顶骨舍利子，供奉在日本崎玉县慈恩寺。抗日战争胜利后，日本佛教联合会同意向中国归还玄奘大师的舍利子。1955年，日方寺庙将其供奉的玄奘大师舍利子中的一半归还中国台湾地区佛教会，另一半仍留在日本。1955年11月，归还给中国的舍利子被暂时供奉于日月潭畔的玄光寺；由于玄光寺规模太小，台湾佛教界筹资在青龙山北麓动工修建玄奘寺。1965年11月玄奘寺落成，玄奘大师顶骨舍利子被移入玄奘寺内的玄奘殿供奉。
玄奘殿面宽三间，进深两间，上下三层；一层和三层有红椽黄瓦的斗拱飞檐，格局端庄，气象森严。
玄奘殿一层正殿当中的壁龛里供奉玄奘负笈像，上方悬挂着蒋中正题写的繁体字“国之瑰宝”匾额。
玄奘殿面宽三间，进深两间，上下三层；一层和三层有红椽黄瓦的斗拱飞檐，格局端庄，气象森严。
玄奘殿一层正殿当中的壁龛里供奉玄奘负笈像，上方悬挂着蒋中正题写的繁体字“国之瑰宝”匾额。