拉氏图解读

[转载]Ramachandran Plot（拉氏图、拉曼图）的解读 (2013-03-07 14:27:04)转载▼
标签： 转载
原文地址：Ramachandran Plot（拉氏图、拉曼图）的解读作者：qianqian430
转载于http://www.bioms.org/thread-96-1-1.html
1、基本背景介绍：Ramachandran 等人于 1963年 至 1968年 根据肽单位刚性球面模型计算出来的，以ψ和φ的角度为横纵坐标，规定φ,ψ 角允许的构象区域的一个图形。Ramachandran Plot表示的就是α碳的两面角，ψ（psi）表示一个肽单位中α碳左边C-N键的旋转角度，φ（phi）表示α碳右边C-C键的旋转角度，理论上这C-N键和C-C键都可以自由的转动，由于键的转动会带动其他原子的一起转动，所以在实际中由于分子各个基团的空间障碍和作用力的影响，Ramachandran Plot就有了允许出现的区域和不允许出现的区域。
2、作用：拉氏图表现的就是氨基酸残基理论上可以出现的构象，拉氏图主要的应用就是，对同源建模后模型质量的检测（注意：拉氏图不涉及能量，仅仅是检测构象是否合理）。
3、拉氏图的介绍：很多软件都可以生成Ramachandran Plot，软件不同生成的拉曼图的形式不同，区域的颜色也会不同。此处以Swiss-PdbViewer的拉氏图进行注解。拉曼图主要分为三个区域，允许区（其他软件多为深色区），最大允许区（软件多为浅色区）和不允许区（空白区）。下图中，黄色区域是核心区，该区构象是立体化学允许区，可以稳定存在（再次声明拉曼图不考虑能量问题）。蓝色区域是最大允许区，该区构象在立体化学中可以存在，但是不稳定。空白区是立体化学不允许的，不能存在。
图1 拉氏图区域介绍。
①pdb文件名称；②显示鼠标所指氨基酸名称（该图未显示）；③右手α螺旋分布区；④左手α螺旋分布区；⑤β折叠分布区；⑥⑦由于0°和360°重合，所以±180°是可以连在一起的，所以⑥⑦两区和⑤区其实连在