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基因组框架图、精细图、完成图

2013-09-15 14:20阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/3462139302

基因组框架图是指经生物信息学分析后，拼接得到的基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达到98%以上，contig N50达到5Kb，scaffold N50达到20Kb，单碱基错误率在十万分之一以下。
精细图是指经生物信息学分析后，拼接得到的基因组覆盖度大于98%，基因区覆盖度达到99%以上，contig N50达到20Kb，scaffold N50达到300Kb，单碱基错误率低于十万分之一，gap数不超过100个。
完成图是指经生物信息学分析后，拼接得到完整的基因组序列，单碱基错误率低于十万分之一。
Read：一次测序中仪器读取的核苷酸长度
Contig：通过重叠部分将相邻reads组装形成的单元称为contig。
Scaffold：利用双端测序等其他方法的信息，定位contigs在染色体上的线性排列或相对位置关系，并连接起来形成较长的scaffold序列。
N50：把contig或scaffold从大到小排序，并对其长度进行累加，当累加长度达到基因组序列长度一半时，最后一个contig或scaffold长度。

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