在水产养殖过程中，益生菌常作为生长促进剂、免疫促进剂、治疗剂、水质改良剂进行实际应用，根据菌种不同来区分，常用的益生菌有光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌、蛭弧菌、硝化细菌等。
1、光合细菌
光合细菌，属于厌氧或兼性厌氧性的光能异养菌。在光照条件下，光合细菌能利用小分子有机物合成自身生长繁殖所需要的各种养分，增加水体溶氧，还能利用水环境中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐等合成有机氮化物，净化水质；
在缺氧条件下，光合细菌对硫化氢、酸性物质等均有一定的分解作用。此外，光合细菌可以产生抗病毒因子等生物活性物质，具有独特的抗病、促生长功能，大大提高了水产动物的生产性能的优点。
使用注意事项：
（1）光合细菌制剂多为液态，使用时无需活化，应选在晴天上午使用，低温及阴雨天不宜使用；
（2）水肥或水质恶化时，宜使用光合细菌分解有机污染物，改善水体环境；水瘦时要先施肥再使用光合细菌；
（3）由于酸性水体不利于光合细菌生长，使用光合细菌前应先泼洒适量生石灰调节水体pH至6.0-8.0。
芽孢杆菌、乳酸菌、光合细菌等在水产养殖中的重要作用
2、芽孢杆菌
芽孢杆菌，是一种可形成芽孢的好氧革兰氏阳性菌，具有耐酸、耐盐、耐高温、快速复活和可分泌多种能降解有机物的酶类（蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶）等特点，不仅能有效抑制宿主肠道有害病菌生长，提高机体抗病能力，还可能直接利用水体中的硝酸盐和亚硝酸盐，分解池底有机物，降低养殖水体富营养化程度，优化水体环境。常见的有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌等。
使用注意事项：
（1）芽孢杆菌是好氧性细菌，应在晴天使用，泼洒时必须开启增氧机，增加溶氧，使其在水体繁殖