传统村落是北京历史文化名城的重要组成部分，是不可再生的历史文化资源，房山区有六个村被列为北京市传统村落，（南窖乡水域村、南窖乡南窖村、蒲洼乡宝水村、史家营乡柳林水村、大石窝镇大石窝村、佛子庄乡黑龙关村）其中三个村被列为国家级传统村落，第一批中国传统村落名录南窖乡水域村，第四批中国传统村落名录南窖乡南窖村、蒲洼乡宝水村。在中国传统村落数字博物馆可以看到三个村的全面介绍。经过多部门鉴定，六个传统村落有普登文物22处，水峪村的娘娘庙、黑龙关的龙神庙、大石窝的娘娘庙山门等已修复，水峪村的杨家大院和南窖村的仁义局和古戏楼正在修缮中。