上海地铁南京东路站二号线（2号线）往广兰路站首班车时间为6:03，常态末班车时间为23:20，周末（周五、六）末班车时间为次日00:30；往浦东国际机场站末班车时间为21:36；南京东路站往徐泾东站首班车时间为5:34，常态末班车时间为23:15，周末（周五、六）末班车时间为次日00:25。
此外,南京东路站还可以换乘上海地铁十号线（10号线）且十号线（10号线）南京东路站往航中路站首班车时间为5:54，末班车时间为22:48；南京东路站往虹桥火车站站首班车时间为5:49，常态末班车时间为22:53，周末（周五、六）末班车时间为次日00:13；南京东路站往新江湾城站首班车时间为6:02，常态末班车时间为23:06，周末（周五、六）末班车时间为次日00:24。
此外,南京东路站还可以换乘上海地铁十号线（10号线）且十号线（10号线）南京东路站往航中路站首班车时间为5:54，末班车时间为22:48；南京东路站往虹桥火车站站首班车时间为5:49，常态末班车时间为22:53，周末（周五、六）末班车时间为次日00:13；南京东路站往新江湾城站首班车时间为6:02，常态末班车时间为23:06，周末（周五、六）末班车时间为次日00:24。