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为安顿来朝传授小乘佛教的印度僧人跋陀，在与都城洛阳相望的嵩山少室山北麓敕建而成。
永平元年（506年），印度高僧勒拿摩提和菩提流支先后到少林寺开辟译场，在少林寺西台舍利塔设立翻经堂翻译经书。
北魏孝明帝孝昌三年（527年），释迦牟尼佛第二十八代徒菩提达摩来到少林寺，他在跋陀开创的基础上，广集信徒，传授禅宗，东魏孝静帝天平三年传法于慧可，从此禅学在少林寺落迹流传。
在南北朝佛教发展高峰期，北周武帝采纳还俗沙门卫元嵩删寺减僧的建议，在建德三年（574年）下令禁止佛教传流，史称北周武帝灭佛，少林寺毁坏严重。
北周大象二年（580年），北周静帝恢复少林寺，将其改名为陟岵寺。
隋文帝崇佛，复改陟岵寺为少林寺，并赐给少林寺土地一百顷，再加上其他赏赐，少林寺成为拥有百顷良田和庞大寺产的大寺院。
唐初，少林寺十三和尚因助唐有功，受到唐太宗的封赏，赐田千顷，水碾一具，并称少林僧人为僧兵，从此，少林寺名扬天下，被誉为天下第一名刹。
至唐宋年间，少林寺拥有土地14000多亩，寺基540亩，楼台殿阁5000余间，僧徒达2000多人。达摩开创的禅宗教派在唐朝兴盛，是唐代佛教最大宗派。
元代初，世祖命福裕和尚住持少林，并统领嵩岳一带所有寺院。福裕和尚住持少林期间，创建了钟楼、鼓楼，增修廊庑库厨，僧徒云集至此演武礼佛。
嘉靖时期，日本倭寇袭扰中国沿海，少林僧侣抗倭有功，因此朝庭大规模修整寺院，少林寺还享有官府所赐予的免除粮差等特权。其后，少林僧人至少有六次被明朝朝廷征调，参与战事，并屡建功勋，所以朝廷又多次为少林寺树碑立坊修殿，而少林功夫在中国武术界的权威地位也得以确立。
康熙四十三年（1704年），康熙皇帝亲书少林寺（原挂于天王殿，后移至山门）、宝树芳莲（原挂于大雄宝殿，后被火焚）二方匾额。
乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝亲临少林寺，夜宿方丈室，写下众多诗词、匾额。
中华民国初年，革命党人与北洋政府内战，少林寺屡遭战火之灾。
民国十七年（1928年），
军阀石友三于3月15日纵火焚烧法堂，次日，又令军士焚烧天王殿、大雄宝殿、钟楼、鼓楼、六祖堂、龙王殿、紧那罗殿、阎王殿、库房、禅堂，一大批珍贵文物及5480卷藏经化为灰烬。
2006年3月22日，时任俄罗斯总统普京拜访少林寺，观看少林功夫表演，他是少林历史上第一位拜访少林寺的国外元首。
2007年，少林寺被授予中国国家AAAAA级景区。
2010年8月1日，第34届世界遗产大会被联合国教科文组织审议通过，天地之中历史建筑群（少林寺（常住院、初祖庵、塔林）、东汉三阙（太室阙、少室阙、启母阙）、中岳庙、嵩岳寺塔、会善寺、嵩阳书院、观星台）被列为世界文化遗产。
永平元年（506年），印度高僧勒拿摩提和菩提流支先后到少林寺开辟译场，在少林寺西台舍利塔设立翻经堂翻译经书。
北魏孝明帝孝昌三年（527年），释迦牟尼佛第二十八代徒菩提达摩来到少林寺，他在跋陀开创的基础上，广集信徒，传授禅宗，东魏孝静帝天平三年传法于慧可，从此禅学在少林寺落迹流传。
在南北朝佛教发展高峰期，北周武帝采纳还俗沙门卫元嵩删寺减僧的建议，在建德三年（574年）下令禁止佛教传流，史称北周武帝灭佛，少林寺毁坏严重。
北周大象二年（580年），北周静帝恢复少林寺，将其改名为陟岵寺。
隋文帝崇佛，复改陟岵寺为少林寺，并赐给少林寺土地一百顷，再加上其他赏赐，少林寺成为拥有百顷良田和庞大寺产的大寺院。
唐初，少林寺十三和尚因助唐有功，受到唐太宗的封赏，赐田千顷，水碾一具，并称少林僧人为僧兵，从此，少林寺名扬天下，被誉为天下第一名刹。
至唐宋年间，少林寺拥有土地14000多亩，寺基540亩，楼台殿阁5000余间，僧徒达2000多人。达摩开创的禅宗教派在唐朝兴盛，是唐代佛教最大宗派。
元代初，世祖命福裕和尚住持少林，并统领嵩岳一带所有寺院。福裕和尚住持少林期间，创建了钟楼、鼓楼，增修廊庑库厨，僧徒云集至此演武礼佛。
嘉靖时期，日本倭寇袭扰中国沿海，少林僧侣抗倭有功，因此朝庭大规模修整寺院，少林寺还享有官府所赐予的免除粮差等特权。其后，少林僧人至少有六次被明朝朝廷征调，参与战事，并屡建功勋，所以朝廷又多次为少林寺树碑立坊修殿，而少林功夫在中国武术界的权威地位也得以确立。
康熙四十三年（1704年），康熙皇帝亲书少林寺（原挂于天王殿，后移至山门）、宝树芳莲（原挂于大雄宝殿，后被火焚）二方匾额。
乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝亲临少林寺，夜宿方丈室，写下众多诗词、匾额。
中华民国初年，革命党人与北洋政府内战，少林寺屡遭战火之灾。
民国十七年（1928年），
军阀石友三于3月15日纵火焚烧法堂，次日，又令军士焚烧天王殿、大雄宝殿、钟楼、鼓楼、六祖堂、龙王殿、紧那罗殿、阎王殿、库房、禅堂，一大批珍贵文物及5480卷藏经化为灰烬。
2006年3月22日，时任俄罗斯总统普京拜访少林寺，观看少林功夫表演，他是少林历史上第一位拜访少林寺的国外元首。
2007年，少林寺被授予中国国家AAAAA级景区。
2010年8月1日，第34届世界遗产大会被联合国教科文组织审议通过，天地之中历史建筑群（少林寺（常住院、初祖庵、塔林）、东汉三阙（太室阙、少室阙、启母阙）、中岳庙、嵩岳寺塔、会善寺、嵩阳书院、观星台）被列为世界文化遗产。