1、畜牧业发展支持保护体系还不健全。发展畜牧业投入不足。畜禽遗传资源保护和利用、良繁体系、畜产品质量安全监管、重大动物疫病防控、草原生态补偿等方面的投入，与实际需要差距较大。制约畜牧业发展的贷款难、用地难、粪污处理难等问题还没有解决的有效办法。
2、畜产品质量安全监管和动物疫病防控任务艰巨。从监管对象和防控环境看，畜牧生产分散，饲养环境差异较大，管理水平参差不齐，质量安全管理环节多，国内外动物疫情复杂，发生重大动物疫情的重大隐患依然存在。动物疫病防治技术和药品研发推广水平与防疫需要不相适应。
3、畜牧业生产方式比较落后。畜牧业发展的规模化、标准化以及组织化程度较低，畜禽良种化水平不高，畜禽遗传资源保护形势严峻。
针对目前面临的困难，全国人大常委会畜牧法执法检查报告提出了解决建议。
—— 建立支持畜牧业持续健康发展的长效机制。落实畜牧法规定的扶持政策，增加财政投入。重点支持畜禽遗传资源保护和良繁体系建设，畜产品质量检验检测基础设施建设，动物疫病防控体系建设，草原生态补偿制度等。加强宏观调控，有效防止畜产品价格大起大落。做好适时推出生猪期货交易的准备工作，探索畜产品价格形成机制。
——加大畜产品质量安全保障和疫病防控能力建设。按照“全程监管、重点监控、及时处置”的原则，采取综合措施，确保畜产品质量安全。规范饲料、饲料添加剂及兽药等投入品的使用，加强畜禽养殖基地和畜产品质量认证推广，大力发展无公害畜产品生产。强化畜禽标识和养殖档案管理，完善可追溯体系。加强畜禽屠宰加工和流通环节监管，完善检测手段，提升监测能力。加强畜产品质量安全风险评估，完善畜产品质量安全事件的快速反应机制。建议有关主管部门近期牵头组织一次对“瘦肉精”和磺胺类药物添加使用的全国性集
