Gaussian提供了cubegen工具,以及cube、prop选项可以得到格点文件。缺点是数据点没有对应的坐标信息,而且也无法提取某个平面的数据作图。
gsgrid这个程序主要有两个功能,第一个是把格点文件的数据提取出来,显示每个数据点的坐标。第二个功能是选取指定的XY/YZ/XZ平面,得到这个平面上的数据点以便做图。
例1:得到空间中每个坐标点的静电势
用高斯计算某个体系,写明%chk,然后用formchk将chk转换为fch,例如1.fch,再用cubegen得到静电势的格点文件
cubegen 0 potential 1.fch 1.cub 0 h
运行gsgrid,比如输入
c:\1.cub
1
即得到output.txt。里面包含1.cub里每个数据点的数值及其坐标
例2:画Z=0平面的电子密度图
同上,cubegen 0 density 1.fch 1.cub -4 h,
运行gsgrid,输入
c:\1.cub
2
0
得到output.txt,和例1一样,但这里面的数据点只包含.cub中的Z值最接近于0的那个平面中的数据点。然后可以放到sigmaplot等软件做图。以苯分子为例子(压缩包内1.fch),以此法作图得到benzene-density.PNG (见此贴附图)。(其实VMD读入.cub后用VolumeSlice模式也可以得到同样的结果,但是这样的图不“严谨”)
再比如想得到X=1.3的YZ平面上的数据点,就输入3 [回车] 1.3
注意:
使用cubegen时,末尾一定要用h参数。
cubegen倒数第二个参数可以是-2,-3 和-4 分别对应于关键字Coarse,Medium 和Fine。用了fine文件会很大,g
gsgrid这个程序主要有两个功能,第一个是把格点文件的数据提取出来,显示每个数据点的坐标。第二个功能是选取指定的XY/YZ/XZ平面,得到这个平面上的数据点以便做图。
例1:得到空间中每个坐标点的静电势
用高斯计算某个体系,写明%chk,然后用formchk将chk转换为fch,例如1.fch,再用cubegen得到静电势的格点文件
cubegen 0 potential 1.fch 1.cub 0 h
运行gsgrid,比如输入
c:\1.cub
1
即得到output.txt。里面包含1.cub里每个数据点的数值及其坐标
例2:画Z=0平面的电子密度图
同上,cubegen 0 density 1.fch 1.cub -4 h,
运行gsgrid,输入
c:\1.cub
2
0
得到output.txt,和例1一样,但这里面的数据点只包含.cub中的Z值最接近于0的那个平面中的数据点。然后可以放到sigmaplot等软件做图。以苯分子为例子(压缩包内1.fch),以此法作图得到benzene-density.PNG (见此贴附图)。(其实VMD读入.cub后用VolumeSlice模式也可以得到同样的结果,但是这样的图不“严谨”)
再比如想得到X=1.3的YZ平面上的数据点,就输入3 [回车] 1.3
注意:
使用cubegen时,末尾一定要用h参数。
cubegen倒数第二个参数可以是-2,-3 和-4 分别对应于关键字Coarse,Medium 和Fine。用了fine文件会很大,g
