1 准备序列文件
（1）序列是cds，每条序列的长度必须是3的倍数
（2）使用比对软件进行比对
（3）手工校正比对后的序列，删除一些大片段缺失的序列，命名为 man.fa
2 准备树文件
（1）使用上面校正好的序列文件，构建进化树
（2）使用figtree打开构建好的进化树，改格式为nwk，命名为out_tree.nwk。
3 准备程序文件和控制文件
（1）新建文件夹，paml_test,
（2）将codeml codeml.ctl man.fa out_tree.nwk 四个文件同时放在这个目录下
（3）打开codeml.ctl，修改其中的参数。seqfile是序列名，改成man.fa, treefile 后面改成out_tree.nwk
4 运行程序
（1）./codeml
5 结果分析
model 0 考虑整体的dn/ds, omega值是你要的结果
model 7
model 8 单个位点的dn/ds
有问题，请留言
（1）序列是cds，每条序列的长度必须是3的倍数
（2）使用比对软件进行比对
（3）手工校正比对后的序列，删除一些大片段缺失的序列，命名为 man.fa
2 准备树文件
（1）使用上面校正好的序列文件，构建进化树
（2）使用figtree打开构建好的进化树，改格式为nwk，命名为out_tree.nwk。
3 准备程序文件和控制文件
（1）新建文件夹，paml_test,
（2）将codeml codeml.ctl man.fa out_tree.nwk 四个文件同时放在这个目录下
（3）打开codeml.ctl，修改其中的参数。seqfile是序列名，改成man.fa, treefile 后面改成out_tree.nwk
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（1）./codeml
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