Im Laufe der Zeit offenbarte sich Yuan Shikais Ehrgeiz allmählich,
besonders in 1915, als er versuchte, das imperiale System
wiederherzustellen und sich selbst zum Kaiser erklärte. Nachdem
Duan Qirui davon erfuhr, ging er mehrmals, um Yuan Shikai davon
abzubringen, aber er folgte seinem Rat nicht. Am Ende erklärte sich
Yuan Shikai zum Kaiser.
In 1916 starb Yuan Shikai aufgrund des Scheiterns des imperialen
Systems. Duan Qirui nutzte schnell politische Mittel, um Li
Yuanhong zum Präsidenten der Republik China und sich selbst zum
Premierminister des Staatsrates zu wählen. Der anschließende
politische Kampf stürzte Duan Qirui jedoch in eine komplexe
Situation.
Im folgenden Jahr führte der Ausbruch des Ersten Weltkriegs Duan
Qirui dazu, die Entscheidung zu treffen, Deutschland unter
innerstaatlichem und internationalem Druck den Krieg zu erklären,
aber Li Yuanhong lehnte sie stark ab, was zur 'Schlacht am
Kaiserhof' führte.
Im
selben Jahr nutzte Zhang Xun die Gelegenheit, den Streit zwischen
der Regierung und dem Gericht zu vermitteln, führte seine Truppen
nach Peking und kündigte die Wiederherstellung der Herrschaft der
Qing Dynastie an. Zhang Xuns Aktion löste starke soziale Reaktionen
aus und zwang Li Yuanhong zur Flucht, während Duan Qirui und Feng
Guozhang Zhang Xun besiegten und das republikanische System
wiederherstellten. Danach wurde Feng Guozhang Präsident, während
Duan Qirui weiterhin Premierminister war.
Mit der veränderten politischen Situation wurde das Verhältnis
zwischen Duan Qirui und Feng Guozhang allmählich angespannt. Im
Zhiwan-Krieg erlitten Duan Qiruis Anhui-Clique-Kriegsherren eine
katastrophale Niederlage und wurden schließlich gezwungen, ihre
Position als Premierminister aufzugeben. Die Zhili-Clique und
Fengtian Clique Warlords kontrollierten gemeinsam die
Beiyang-Regierung.
In 1924 brach der Zhili Fengtian Krieg wieder aus und Feng Yuxiangs
Überläufer führte zur Niederlage der Zhili Kriegsherren. Zhang
Zuolin, ein Mitglied der Fengtian Clique, schloss sich mit Feng
Yuxiang zusammen, um gemeinsam die Beiyang Regierung zu
kontrollieren. Um verschiedene Kräfte auszugleichen, lud Zhang
Zuolin Duan Qirui ein, wieder aus den Bergen zu kommen und als
Staatsoberhaupt zu dienen. Obwohl Duan Qirui seine politische Macht
im Namen wiederherstellte, übte er weiterhin Einfluss hinter den
Kulissen durch die Kriegsherren der Anhui-Clique aus.
In 1926 stellte die Acht-Nationen-Allianz ein
'Acht-Nationen-Ultimatum' an die Regierung von Duan Qirui und
forderte den Abbau von Verteidigungsanlagen in Dagukou. Duan Qirui
beschloss, einen harten Ansatz zu wählen, um damit umzugehen, aber
während der Proteste der Pekinger Massen befahl er die Schießerei
und Unterdrückung, was zur Tragödie 318 führte. Dieser Vorfall hat
sowohl im Inland als auch international starke Reaktionen ausgelöst
und Duan Qiruis politischer Karriere einen schweren Schlag
versetzt.
Später vertrieb Feng Yuxiang Duan Qirui im 1927 aus Taiwan, zwang
ihn zur Flucht und schließlich zum Rückzug nach Shanghai. Obwohl
Duan Qirui sich in Shanghai von den politischen Turbulenzen
fernhielt, hielt er seine Aufmerksamkeit auf die aktuelle Situation
aufrecht und drückte vor dem Hintergrund der japanischen Invasion
Chinas entschlossen seine antijapanische Haltung aus. Duan Qirui
starb im Alter von 72 Jahren in Shanghai aufgrund einer
Krankheit.
Duan Qiruis Leiche wurde von der 28-jährigen Leichenhalle auf den
Wan'an Friedhof in Peking transportiert. Als der Sarg geöffnet
wurde, waren die Familienmitglieder überrascht, dass Duan Qirui,
obwohl die Leiche lange Zeit nicht begraben war, immer noch in
einem Mönchsgewand gekleidet war und keine Anzeichen von Verfall
hatte.
Angesichts dieser Vision beschloss die Familie Duan, ihn in Form
einer Bodenbestattung zu beerdigen und lud ihren ehemaligen Freund
Zhang Shizhao ein, einen Grabstein für ihn zu schreiben. Nach
sorgfältiger Überlegung entschied sich Zhang Shizhao, Duan Qiruis
offizielle Position in der Inschrift nicht zu erwähnen, sondern
benutzte stattdessen den Ausdruck 'Grab der Duan Gongzhi Quelle in
Hefei'.