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三年（1140年）重修。辽、金两代，平城（今大同）都是当时的别，该寺受到皇室的重视。
华严寺至元代初年仍不失为云中巨刹。元朝武宗至大年间（1308一1311年），慧明法师主持重修，大殿、方丈、厨房、堂寮都修缮一新，并新建浴室、药房及房屋数百间。元末战乱，华严寺遭到严重破坏。
清初顺治五年（1648年），华严寺又遭战火，只有大雄宝殿和薄迦教藏殿幸存。清朝时，其余殿堂又陆续予以重修，但规模和结构都不如前朝了。清朝末年，华严寺千疮百孔，一片荒凉。几经修缮成今日之规模。现上下二寺虽连成为一体，仍各以一主殿为中心。
梁思成先生在《大同古建筑调查报告》中记述到：“大同古雁门地，北魏时号平城，自道武帝宅都于此，迄孝文帝南迁洛阳，凡九十余载，为南北朝佛教艺术中心之一......，梵刹名蓝，遗留至今，有华严善化二寺，驰名遐迩。”
如今，华严寺是中国现存年代较早、保存较完整的一座辽金寺庙建筑群，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。
华严寺坐西向东，主要殿宇皆面向东方，这与契丹族信鬼拜日、以东为上的宗教信仰和居住习俗有关。上华严寺以金建大雄宝殿为主，分为两院，有山门、过殿、观音阁、地藏阁及两厢廊庑，高低错落，井然有序。
殿内四壁满布清光绪年间补绘的21幅巨型壁画，色彩艳丽，金碧辉煌，保存完好，面积在山西省寺院壁画中居第二位，仅次于芮城永乐宫。其内容有佛本生故事图、“七地九会”佛说法图、善财童子五十三参图、达摩传法记图、准提佛母图、千手千眼十一面观音图、华严三圣图、水月观音图、罗汉图等，采用山石、流水、云雾、树木、楼阁、亭台等景物相隔联之传统手法，设色以石青、石绿为主，附以沥粉贴金，色彩艳丽，画工精细，保存完好。殿顶的天花板彩绘龙凤、花草、梵文等，构图繁复。
殿内采用减柱法，减少内柱十二根，扩大了前部空间面积，便于布列佛像和进行佛活动。殿内有五方佛和二十诸天等明代塑像，四周壁面为清代罕见。顶部天花板彩面共973块，大部为清代制作，所绘圆环、龙凤、花卉、梵文等图案，极富变化。殿内还有一座2.5米高的木构楼阁模型，是仿制明代大同城西北角的乾楼而作，为研究明代大同城楼结构的重要实物资料。
华严寺至元代初年仍不失为云中巨刹。元朝武宗至大年间（1308一1311年），慧明法师主持重修，大殿、方丈、厨房、堂寮都修缮一新，并新建浴室、药房及房屋数百间。元末战乱，华严寺遭到严重破坏。
清初顺治五年（1648年），华严寺又遭战火，只有大雄宝殿和薄迦教藏殿幸存。清朝时，其余殿堂又陆续予以重修，但规模和结构都不如前朝了。清朝末年，华严寺千疮百孔，一片荒凉。几经修缮成今日之规模。现上下二寺虽连成为一体，仍各以一主殿为中心。
梁思成先生在《大同古建筑调查报告》中记述到：“大同古雁门地，北魏时号平城，自道武帝宅都于此，迄孝文帝南迁洛阳，凡九十余载，为南北朝佛教艺术中心之一......，梵刹名蓝，遗留至今，有华严善化二寺，驰名遐迩。”
如今，华严寺是中国现存年代较早、保存较完整的一座辽金寺庙建筑群，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。
华严寺坐西向东，主要殿宇皆面向东方，这与契丹族信鬼拜日、以东为上的宗教信仰和居住习俗有关。上华严寺以金建大雄宝殿为主，分为两院，有山门、过殿、观音阁、地藏阁及两厢廊庑，高低错落，井然有序。
殿内四壁满布清光绪年间补绘的21幅巨型壁画，色彩艳丽，金碧辉煌，保存完好，面积在山西省寺院壁画中居第二位，仅次于芮城永乐宫。其内容有佛本生故事图、“七地九会”佛说法图、善财童子五十三参图、达摩传法记图、准提佛母图、千手千眼十一面观音图、华严三圣图、水月观音图、罗汉图等，采用山石、流水、云雾、树木、楼阁、亭台等景物相隔联之传统手法，设色以石青、石绿为主，附以沥粉贴金，色彩艳丽，画工精细，保存完好。殿顶的天花板彩绘龙凤、花草、梵文等，构图繁复。
殿内采用减柱法，减少内柱十二根，扩大了前部空间面积，便于布列佛像和进行佛活动。殿内有五方佛和二十诸天等明代塑像，四周壁面为清代罕见。顶部天花板彩面共973块，大部为清代制作，所绘圆环、龙凤、花卉、梵文等图案，极富变化。殿内还有一座2.5米高的木构楼阁模型，是仿制明代大同城西北角的乾楼而作，为研究明代大同城楼结构的重要实物资料。