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从大钟楼左侧穿过一座小院便进入大雄宝殿所在的大四合院，这里是南山寺的主院，坐北朝南彩绘一新的是大雄宝殿。大殿内主供释迦牟尼佛，两旁站立者为阿难和迦叶两大弟子。佛坛前正中是文殊骑狮石像，右侧为木雕普贤菩萨，左边为石雕送子观音，殿两壁是十八罗汉。墙壁上满绘佛传事，从乘象投胎到涅般八十四幅，笔力流畅，色泽浑厚，为明代原作。该殿的造像之精，在五台山寺庙中颇有名气。特别是送子观音，一个白胖胖的小孩，天真无邪，活泼可爱，慈爱的观音左手抱护小孩，右手抚摸孩子的小手，使人倍感亲切。另外，脚踏莲花，臂有十八，身后跟着两头活蹦乱跳的小象的普贤造像亦相当精美。而十八罗汉表情造型各不相同，给人印象十分深刻。
出了大雄宝殿，从左侧拾阶而上，穿过善德堂，便来到最上三层的佑国寺。这里可说是石雕的海洋，几乎是无石不雕。一进院共有石刻图案316幅，以“穆桂英挂帅”、“天女散花”、“苏武牧羊”等最为人们熟悉；二进院共有360幅，有“孟母择邻”、“太公钓鱼”的故事等；三进院共294幅，有“三顾茅庐”、“孙悟空、猪八戒登仙山”、“仙女奏乐”、“诸葛亮收姜维”、“张飞战马超”等，封神演义、三国演义、西游记、松下问童子、岩石采药，绚丽的石雕刻就足以让人心叹不已，加上木雕，每一处都是独具匠心，五步一格，十步一楼，整个佑国寺石刻图案近千幅，内容之丰，数量之多，刻工之精，堪称全山一绝。
遍观南山寺内，各个殿宇形式结构特色不同，两侧栏板望柱上雕人物，花卉，鸟兽，故事等图案。各殿檐下坎墙或墀头下肩上，装置各种石雕人物，花卉，山水图案，内容有神话传说，戏剧人物，历史故事等，突破佛教教义范畴。各殿檐下，木雕图案精致，饰以彩绘贴金，更为富丽堂皇。这里最大的特色便是融合三教九流，古今中外，无所不包，无所不容。
南山寺有精美的石雕刻，也是最富园林特色的寺院。站在寺内高处，四下眺望，整个寺庙依山势建造，高低错落，层迭有致，如亭台楼阁般。