经国务院批准，华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院合并，武汉科技职工大学(科技部管理学院)并入，组建华中科技大学。2000年5月26日，华中科技大学正式挂牌。新组建的华中科技大学，是教育部直属重点大学，由教育部、卫生部、建设部、科技部和湖北省实行共建。同一天，分别隶属财政部、司法部的中南财经大学、中南政法学院也宣布合并，组建了新的中南财经政法大学。
华中科技大学组建以后，分别对应成立了主校区、同济校区、东校区（城建）和东湖校区（科技职大），并建立了四大管委会，就连后勤也成立了华同（同济）、华城（城建）等总公司；其中，同济校区有较大的独立管理权，原城建学院院系打散并入主校区相应各院系。随着主校区与东校区之间征地打通，东校区与主校区连为一体。学校在将老附中原址建设成新文科大楼的计划流产以后，又计划将所有文科院系迁到东校区，遭到抵制，文科院系遂在东四东五东六东七就地发展，而经济、公管等院系则另在主校区建新楼。东湖校区先交由文华学院办学，后文华新购地迁出，该地不知所终。2005年6月19日，华中科技大学发布《关于屈伸等同志职务任免的通知》、《关于田玉科等同志职务任免的通知》等文件，对同济医学院领导班子作出了重大调整。随后，同济医院、协和医院也从医学院中脱离出来，改为与同济医学院平级。2006年9月25日，华中科技大学发布《关于同济医学院机关和部分单位归口合并到学校相应职能部门和单位及有关干部职务任免的通知》、《关于设立华中科技大学医科管理委员会及其干部任职的通知》等十几个文件，对同济医学院进行彻底的机构改组。改组后，华中科技大学正式成立华中科技大学医科管理委员会，由校长担任委员会主任。一般认为，这标志着同济医学院的独立管理权被收回。
华中科技大学组建以后，分别对应成立了主校区、同济校区、东校区（城建）和东湖校区（科技职大），并建立了四大管委会，就连后勤也成立了华同（同济）、华城（城建）等总公司；其中，同济校区有较大的独立管理权，原城建学院院系打散并入主校区相应各院系。随着主校区与东校区之间征地打通，东校区与主校区连为一体。学校在将老附中原址建设成新文科大楼的计划流产以后，又计划将所有文科院系迁到东校区，遭到抵制，文科院系遂在东四东五东六东七就地发展，而经济、公管等院系则另在主校区建新楼。东湖校区先交由文华学院办学，后文华新购地迁出，该地不知所终。2005年6月19日，华中科技大学发布《关于屈伸等同志职务任免的通知》、《关于田玉科等同志职务任免的通知》等文件，对同济医学院领导班子作出了重大调整。随后，同济医院、协和医院也从医学院中脱离出来，改为与同济医学院平级。2006年9月25日，华中科技大学发布《关于同济医学院机关和部分单位归口合并到学校相应职能部门和单位及有关干部职务任免的通知》、《关于设立华中科技大学医科管理委员会及其干部任职的通知》等十几个文件，对同济医学院进行彻底的机构改组。改组后，华中科技大学正式成立华中科技大学医科管理委员会，由校长担任委员会主任。一般认为，这标志着同济医学院的独立管理权被收回。