大运河贯穿南北，沟通长江、黄河、淮河等东西流向的江河，使中国的水上交通运输成为一个四通八达的网络，为中国几千年的历史发展提供了坚实的物质基础。虽然有隋朝灭亡是因为开凿大运河的说法，但实际上大运河对于中国来说，功莫大焉。自从中国大运河申报世界遗产成功，人们对于大运河的重视程度也在提高，对于大运河的认识也在不断深化。目前中国有三座博物馆以大运河为名，北端的北京通州，南端的杭州，以及重要节点的扬州。
博物馆的主展览是系统介绍作为世界遗产的大运河，它为什么会成为世界遗产，有哪些重要价值。大运河可以追溯到吴王发掘邗沟，后来是隋唐大运河，从杭州到洛阳，再到明清时期，裁弯取直，成为如今熟知的京杭大运河，另外还包括从杭州到港口城市宁波的浙东运河。清末到民国，以至新中国，大运河淤塞，失去了其主要功用。进入新世纪，大运河的清理疏通工作取得了极大进展，如今全线已经基本贯通。大运河对于经济、军事的重要性毋庸置疑，所以历代有专设的漕运机构，负责大运河的管理运营。盛世，大运河畅通；乱世，大运河淤塞；大运河是否流畅从一个侧面也反映着一个朝代的盛衰。
“腰缠十万贯，骑鹤下扬州”，因为大运河的缘故，扬州曾经无比繁华。运河沿岸有多个城市因运河而兴，扬州是其中之一。经济兴，文化兴，物质基础决定上层建筑。博物馆中有多个专题展馆，介绍与运河、与扬州有关的人、物、事。非遗是流传在运河两岸的文化之河，与运河相伴而行。沿途形成了许多湿地，成为涵养动植物的天堂。隋炀帝与大运河的传说，让后人无法评说。紫禁城的建设也很大程度上依赖大运河的存在，否则北京作为首都，就缺了一些必备条件。世界上有很多著名的运河，但都与中国大运河的长度和历史无法相比。世界各国运河沿岸也都有一些名城，跟中国相类似。