与神学理论神创造世界万物不同，辩证法认为内因与外因相互作用共同创造出世界万物。其中，内因是最主要的核心创造力量，外因是辅助性的条件创造力量，外因通过内因对事物的质变发挥创造作用。辩证法认为内部联系或内部结构形成事物的内因或本质。也就是说，哲学是运用普遍联系方法确定事物的内因或本质的，而且哲学普遍联系方法确定的事物的内因或本质是看不见、摸不着的。而近代科学采用的是与哲学普遍联系方法不同的还原论的方法探索事物的内因或本质的。这种方法是把看得见、摸得着的实体物质作为研究对象，把高级的复杂的整体的事物分解为低级的简单的局部的事物，忽视或割裂事物内部各要素之间的相互联系。
随着系统科学的诞生，人们发现事物还具有局部或要素所不具有的整体性质，于是近代科学运用还原论方法探索事物内因或本质的思路开始受到人们的批评和质疑。大家知道，现代科学告诉我们人是由各种粒子组成的，但生活中没有人会把组成人的各种粒子、分子、细胞、器官或组织看成是人的内因或本质。再比如，受近代科学还原论思路的影响人们习惯把精神活动看成是人脑神经系统的功能，但是人们却发现在实体性的人脑神经系统中按照还原论的方法根本找不到精神，于是人们按照与还原论不同的系统论的观点推论在人脑神经系统基础上还存在着更大的高层次系统，精神活动实际上是这个更大的高层次系统的功能。
由于近代科学的巨大成就，不少人忽视了哲学探究事物内因或本质的普遍联系的整体方法，并随意运用近代科学还原论的观点否定哲学探究事物内因或本质的整体方法。最明显的例子就是人们认为脑是思维的器官而心不是思维的器官，认为脑看得见、摸得着是真实存在而心看不见、摸不着不是真实存在。其实