玄武区少年宫的前身是玄武区少年之家。1960年6月1日成立区少年之家，“文革”期间停办。1976年重新组成。1982年由市、区政府拨款56万元，加上社会集资，共78万元，于1984年开始动工兴建玄武区少年宫，1986年5月新宫落成。少年宫占地面积1500平方米，建筑面积1000余平方米。主体楼三层，院内建有水池、长廊。是南京市最早建立的区级少年宫。
少年宫现有普通教室6间，专业教室7间，（内有钢琴三架、电子琴28家、古筝10家、手风琴10台、架子鼓一套、扬琴等）多功能大厅一个，计算机室一间（有20台电脑）。
少年宫建成后始终贯彻党的教育方针，坚持活动育人的原则，坚持锁定了一个宗旨：（一切为了孩子，为了孩子的一切，为了一切孩子）；二个中心（培训中心、活动中心）；三个面向（面向学校、面向少先队、面向广大少年儿童）；四大板块（科技、美术、文艺、少先队）为总体目标，培养学生的智趣、挖掘学生的专长、发挥学生的思维空间，致力推进素质教育，促进少年儿童健康成长。
1991年区少年宫创建了“小熊猫艺术团”，经常在省、市电视台、部队、厂矿、社区进行慰问演出，在南京市少儿团队大赛中，连续多年获得团体优秀奖，从艺术团毕业的孩子，多人被选从或考取中央艺术学院、上海芭蕾舞学校、广州军区文工团等专业团体和院校。
九十年代初在南京市率先开展的青少年计算机信息教育课程，为国家计算机奥林匹克队、清华大学、北京大学等高等学府输送了一批高素质的学生，中国第一位微软小博士李柯就曾是信息技术班的学员，信息班的学员在省、市信息技术竞赛中取得优异的成绩，连续多年被评为省级科技活动先进集体。
2004年成立的玄武区晶淼少儿芭蕾艺术团，在短短的二三年里为北京舞蹈学院和上海芭蕾舞学校以及广州芭蕾舞学校输送了二十几名学生，双人舞《我是中国娃》在德国举行的世界青少年芭蕾舞舞比赛中获得金奖。
改革才能促进发展，玄武区少年宫进行了两次人事改革。1999年在全区公开招聘了区总辅导员宋萍进入少年宫，在2003年玄武区少年宫的教师全部参加竞聘上岗，没竞争上的教师被分配到小学任教，从区外引进了优秀的管理人才，使少年宫教师队伍成为南京市学历最高（全部本科以上学历）素质最优（全部市级以上优秀辅导员或教师）能力最强（全部担任过学校中层以上领导职务）。他们中宋萍被评为江苏省十佳标兵
少年宫现有普通教室6间，专业教室7间，（内有钢琴三架、电子琴28家、古筝10家、手风琴10台、架子鼓一套、扬琴等）多功能大厅一个，计算机室一间（有20台电脑）。
少年宫建成后始终贯彻党的教育方针，坚持活动育人的原则，坚持锁定了一个宗旨：（一切为了孩子，为了孩子的一切，为了一切孩子）；二个中心（培训中心、活动中心）；三个面向（面向学校、面向少先队、面向广大少年儿童）；四大板块（科技、美术、文艺、少先队）为总体目标，培养学生的智趣、挖掘学生的专长、发挥学生的思维空间，致力推进素质教育，促进少年儿童健康成长。
1991年区少年宫创建了“小熊猫艺术团”，经常在省、市电视台、部队、厂矿、社区进行慰问演出，在南京市少儿团队大赛中，连续多年获得团体优秀奖，从艺术团毕业的孩子，多人被选从或考取中央艺术学院、上海芭蕾舞学校、广州军区文工团等专业团体和院校。
九十年代初在南京市率先开展的青少年计算机信息教育课程，为国家计算机奥林匹克队、清华大学、北京大学等高等学府输送了一批高素质的学生，中国第一位微软小博士李柯就曾是信息技术班的学员，信息班的学员在省、市信息技术竞赛中取得优异的成绩，连续多年被评为省级科技活动先进集体。
2004年成立的玄武区晶淼少儿芭蕾艺术团，在短短的二三年里为北京舞蹈学院和上海芭蕾舞学校以及广州芭蕾舞学校输送了二十几名学生，双人舞《我是中国娃》在德国举行的世界青少年芭蕾舞舞比赛中获得金奖。
改革才能促进发展，玄武区少年宫进行了两次人事改革。1999年在全区公开招聘了区总辅导员宋萍进入少年宫，在2003年玄武区少年宫的教师全部参加竞聘上岗，没竞争上的教师被分配到小学任教，从区外引进了优秀的管理人才，使少年宫教师队伍成为南京市学历最高（全部本科以上学历）素质最优（全部市级以上优秀辅导员或教师）能力最强（全部担任过学校中层以上领导职务）。他们中宋萍被评为江苏省十佳标兵