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低成本SCI文章思路推荐—基因家族分析

2018-05-25 11:07阅读：

http://blog.sina.cn/dpool/blog/u/2619921463

可观看基因家族分析视频教程，自己手动进行分析。


生物信息学发展迅猛，公共数据库中存放着海量的数据，如何利用这些公共数据结合自己的实验发一篇SCI？基因家族分析无疑是个低投入、高产出的好选择。今天我们就拿2018年发表的一篇文献跟大家聊聊这类文章是怎么做的！
纵观全文，其主要的分析内容包含了常规的基因家族流程分析、转录组表达量分析及荧光定量PCR分析，文章刊发在2018的BMC Genomics（IF为3.7）上，下面是文章解读：


文章标题：

低成本SCI文章思路推荐—基因家族分析
摘要：

低成本SCI文章思路推荐—基因家族分析

分析的主要内容：

1、通过HMM搜索然后确定包含ACD domain的序列，并且分子量在15 42kDa范围之内，鉴定到48个马铃薯Hsp20基因家族成员。
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2、分析了Hsp20基因家族成员在进化上的关系，构建进化树时添加了水稻、大豆、水稻、杨树的Hsp20基因并且将StHsp20 29去掉（与其他序列的差异太大），进化树分成了12个亚族。
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3，Hsp20 基因结构，将基因结构与进化树及motif汇整了一张图片。
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4、绘制基因在染色体的位置图，有的基因在染色体组成了基因簇。

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5、与胁迫相关的启动子区域顺式作用元件预测，利用在线工具（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）搜索了Hsp20基因家族成员启动子区域的顺式作用元件，发现StHsp20s除StHsp20 41外至少具有一种与胁迫相关顺式元件。

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6、利用转录组数据对Hsp20基因家族成员进行表达分析，除了StHsp20 2和StHsp20 45之外的基因在各种组织和器官中均有表达。
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7、利用RT PCR分析StHsp20基因在热、盐及干旱胁迫条件下的表达， 14个Hsp20基因（StHsp20 4,6,7,9,20,21,33,34,35,37,41,43,44和46）在热应激的相对表达水平显着上调（超过100倍）。
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1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 有详细免费解读


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