RMSD与RMSF的区别

RMSD(均方根偏差)的计算公式为：

n代表原子数。RMSD一般情况下用来表示蛋白质结构之间差异的参数，是两个结构之间原子位置的 RMSD。 我们可以通过计算 RMSD 来评估蛋白质结构的可信度，如在模拟过程中，分子会不断的发生变化，而对于我们而言，必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析，这样才比较有意义。RMSD 距离函数，以一个结构中的原子与另外一个结构中对应原子为计算标的。如果两个分子在座标系统中以不同的位置开始计算，那么不管其结构是否相似，这两者之间的 RMSD 必定相当大。所以，为了要计算有意义的 RMSD ，两者的结构要尽可能的重叠，但对于docking而言，如果有reference ligand，一般不需要额外的重叠，否则会有伪造数据之嫌。计算RMSD时，可以针对目标蛋白质(如: 所有的原子、骨干部份或只考虑 alpha 碳原子等等)。不同的标准，计算RMSD的数值会有所差异。

RMSF（均方根涨落）计算公式：