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UbiBrowser数据库,一种预测E3泛素化底物相互作用的网站

2017-09-06 20:59阅读:
文章名称:An integrated bioinformatics platform for investigating the human E3 ubiquitin ligasesubstrate interaction network (Nature communication, 2017/08/24)


泛素-蛋白酶体系统需要E1激活酶、E2结合酶以及E3连接酶,对于蛋白降解、转录调控以及细胞信号传导具有重要作用。E3连接酶与靶底物的结合具有高度特异性,但是底物-底物之间的网络关联并不清楚。mUbiSiDa是一种泛素位点数据库,包含5700多种泛素化底物,有3万多种泛素化位点,但是对E3底物之间的关联还不到900种。不到15%的泛素化蛋白具有相应的连接酶信息。因此,需要一种强大的计算方法,在蛋白质组水平上系统地识别潜在的E3底物的相互作用。

这篇文献是利用一种基于朴素贝叶斯分类的计
算算法整合五种生物学依据,包括homology E3-substrate interaction、enriched domain and Gene Ontology (GO) term pair、protein interaction network loop、和inferred E3 recognition consensus motif,预测人类E3连接酶底物之间的相互作用,设置了一个网上平台(UbiBrowser)研究泛素连接酶底物相互作用网络(http://ubibrowser.ncpsb.org/)


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