微生物絮凝剂已广泛应用于给水、生活污水和工业废水的净化处理中。微生物絮凝剂用途主要涉及以下几个方面。
1、给水
与传统的无机及有机絮凝剂相比，微生物絮凝剂去除给水中的SS、有毒有机物、病原菌等污染物指标的效率更高，药剂用量更少，絮凝沉淀物的沉降性能和过滤性能也更优，更适合作为饮用水的净化药剂。研究显示，与海藻酸钠、明胶絮凝剂相比，利用含有糖醛酸、中性糖和氨基糖的多糖絮凝剂处理河水水源时产生的絮团大、沉降快、上清液浊度低，而且处理后COD值更小，可见其絮凝效果更好。
2、城市生活污水
微生物絮凝剂处理城市生活污水并且已实现了较理想的SS、COD、BOD、TP、NH3-N、浊度等指标的去除效果，并具有显著的水体臭味抑制作用。
3、工业废水
下面分别介绍几种常见工业废水。