明代北京城东西南北各自兴建了碧霞元君庙。碧霞元君是道教正一派的主要神明之一，是“主神掌管人间的东岳泰山大帝之女”，民间通常称这些碧霞元君庙位为“东顶”“南顶”“西顶”“北顶”；这些称谓可能是为描述其地位较高。明代开始北京及周边的百姓都非常信仰碧霞元君。因为普通的宗教场所，少有地位这么高的女性神明，较普通男性神来说，更加亲民，更受女性信重的推崇。并且让普通比较保守的女性也可以有祈福还愿的场所。
南城外的碧霞元君庙有两座，一座位于马驹桥，俗称大南顶。另一座坐落在北京城正南中轴线的南延长线上，叫小南顶。小南顶位于南苑西海子大红门北侧的凉水河北岸，中轴线东侧，坐北朝南，西南方正对着南苑大红门。小南顶虽然规模不及大南顶，但因地理便利，建筑有特色，庙会吸引人，影响力很大，从而逐步成了南顶的代称，后来提到南顶，多数人都直接想到这里。
小南顶地处几条道路的交汇处。从永定门到南苑大红门的官道并不完全是直线，在海户屯略向东偏，等到南顶附近再向西偏些。小南顶就在官道的东侧。小南顶地处三条东向的道路的汇合点。在庙左是一条通往东北向通往刘家窑方向的路，庙右侧偏南另有一条东北向去往石榴庄方向去的道路比上一条略偏南些。在南顶南侧还有一条向正东东凉水河北岸通往马驹桥方向的道路。这条道路是凉水河的北岸河提之下的道路。凉水河北岸的一条蜿蜒绵长的土山上面种满柳树，这是乾隆时期梳理整治凉水河后，清淤堆积而成修成的九龙山，是这一带小有名气的风景。
南顶建于明代有正德五年（1510年）；当时名为御制灵通庙，庙内留有修建成因的碑刻。清朝康熙五十二年（