（本文由上海复斯管理咨询公司研究并发布。）
转制科研院所当前很多都至少同时开展着三类管理目标和工作特点不同的业务（或工作）：以提升自身长期技术竞争力为目的的科技创新类项目——后称“创新项目”；以对外提供科研成果或服务为目的的传统科研业务，如纵向课题、横向课题等——后称“科研课题”；以自身直接产业化运用为目的的产品开发类项目——后称“产品开发项目”。
此外，还有不少科研院所同时开展着转制以来所形成的一些小规模或中等规模的产品生产经营业务（相关研究参见《【科研院所】科研管理与产业化发展：问题、思路与案例》一文）。

实践做法：一类业绩管多类业务

在转制院所中，一个最普遍的特点是三类、甚至四类业务往往是在下面每个单位内同时开展着，而不像生产企业那样按业务类型分工。当前对于这些业务，科研院所在业绩管理上的普遍做法是：
- 对业务单位如研究处、专业室等以业务规模、业务完成性为主要考评指标，如考核到位课题经费、项目合同额和履约率等；也有部分院所同时考核效益方面，如生产类业务的利润额、业务单位利润总额等。
- 在对部门分配上，一般是根据业务单位的考核结果直接兑现部门工资总额。少部分也有根据部门利润结余按比例提成的，但因弊病明显该做法在2005年以后就不太普遍了。
- 对于科研人员的绩效工资及奖金部分，基本是根据参与课题或项目的工作量由部门领导每月考评发放或预提发放。实践中，也有由课题组组长负责考评发放部分奖金的做法。
- 其中对于院自筹经费项目（如部分创新项目和产品开发项目），则是院级核定项目经费后再按以上方式统一进行考评与分配（相关研究参见《转制科研院所考评模式探讨》一文）。